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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dgk | ||||||
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タイトル | MUTANT MONOMER OF RECOMBINANT HUMAN HEXOKINASE TYPE I WITH GLUCOSE AND ADP IN THE ACTIVE SITE | ||||||
要素 | HEXOKINASE TYPE I | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / BRAIN HEXOKINASE / MAMMALIAN HEXOKINASE 1 / SUGAR KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / mannokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation ...Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / mannokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / peptidoglycan binding / glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / 解糖系 / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / 炎症 / 脂質ラフト / 自然免疫系 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Aleshin, A.E. / Liu, X. / Kirby, C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of mutant monomeric hexokinase I reveal multiple ADP binding sites and conformational changes relevant to allosteric regulation. 著者: Aleshin, A.E. / Kirby, C. / Liu, X. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Regulation of Hexokinase I: Crystal Structure of Recombinant Human Brain Hexokinase Complexed with Glucose and Phosphate 著者: Aleshin, A.E. / Zeng, C. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The Mechanism of Regulation of Hexokinase: New Insights from the Crystal Structure of Recombinant Human Brain Hexokinase Complexed with Glucose and Glucose-6-Phosphate 著者: Aleshin, A.E. / Zeng, C. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dgk.cif.gz | 192 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dgk.ent.gz | 151 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102556.984 Da / 分子数: 1 / 変異: E280A, R283A, G284Y, T536A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SECOND MOLECULE OF ADP IS BOUND NEAR THE N-TERMINUS OF THE POLYPEPTIDE CHAIN. THE REGULATORY SITE OF THE N-TERMINAL DOMAIN IS OCCUPIED WITH GLUCOSE AND PHOSPHATE. MUTATIONS IN DIMER INTERFACE AND THE ACTIVE SITE 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEURON / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19367, ヘキソキナーゼ | ||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, SODIUM ACETATE, MES, ADP, GLUCOSE, GLUCOSE-6-PHOSPHATE. GROWN CRYSTALS WERE SOAKED WITH THE SAME BUFFER, BUT W/O GLUCOSE-6-PHOSPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and precipitant solutionsPH range low: 6.5 / PH range high: 5.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→50 Å / Num. all: 65575 / Num. obs: 25465 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 2.64 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.98 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / % possible all: 57 |
反射 | *PLUS Num. obs: 25491 / % possible obs: 77.5 % / Num. measured all: 65575 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57 % / Rmerge(I) obs: 0.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: USED MAXIMUM LIKELIHOOD RESIDUALS AND CONJUGATE DIRECTION MINIMIZATION.SIDE CHAINS OF RESIDUES 16, 17, 20, 21, 24, 101, 102, 252, 353, 794-799, 801, 804, 806, 809-811 HAVE POOR ELECTRON ...詳細: USED MAXIMUM LIKELIHOOD RESIDUALS AND CONJUGATE DIRECTION MINIMIZATION.SIDE CHAINS OF RESIDUES 16, 17, 20, 21, 24, 101, 102, 252, 353, 794-799, 801, 804, 806, 809-811 HAVE POOR ELECTRON DENSITY. THEIR OCCUPANCIES ARE SET TO 0.01
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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