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- PDB-4f9o: Crystal Structure of recombinant human Hexokinase type I with 2-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9o
タイトルCrystal Structure of recombinant human Hexokinase type I with 2-deoxy-Glucose 6-Phosphate
要素Hexokinase-1
キーワードTRANSFERASE / hexokinase / 2-deoxy Glucose-6-Phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / GDP-mannose biosynthetic process from mannose / hexokinase activity / Synthesis of GDP-mannose / carbohydrate phosphorylation / maintenance of protein location in mitochondrion / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase ...Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / GDP-mannose biosynthetic process from mannose / hexokinase activity / Synthesis of GDP-mannose / carbohydrate phosphorylation / maintenance of protein location in mitochondrion / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / GDP-mannose biosynthetic process / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / positive regulation of cytokine production involved in immune response / glucose 6-phosphate metabolic process / peptidoglycan binding / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / inflammatory response / membrane raft / innate immune response / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucopyranose / CITRIC ACID / Hexokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Shen, L. / Honzatko, R.B.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Inhibitor Sites of Unequal Affinity Linked by Binding Synergism in Mutant Forms of Recombinant Human Hexokinase Type-I
著者: Shen, L. / Gao, Y. / Honzatko, R.B.
履歴
登録2012年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-1
B: Hexokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,74115
ポリマ－204,7602
非ポリマー1,98113
水5,477304
1
A: Hexokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2747
ポリマ－102,3801
非ポリマー8956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hexokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4668
ポリマ－102,3801
非ポリマー1,0877
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.980, 122.090, 120.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 1007
2114B1 - 1007

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hexokinase-1 / Brain form hexokinase / Hexokinase type I / HK I


分子量: 102379.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK1 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19367, hexokinase

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-0NZ / 2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-arabino-hexopyranose / 2-deoxy-beta-D-glucopyranose 6-phosphate / 2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucose / 2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / 2-デオキシ-グルコ-ス-6-ホスファ-ト


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 244.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O8P
識別子タイププログラム
b-D-2-deoxy-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 309分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, PEG 8000, sodium acetate, sodium citrate, pH 6.0, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.65→35.36 Å / Num. obs: 69139 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 2000
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.65-2.743.710.2933.32576868621.299
2.74-2.853.850.2114.42661968891.0599.1
2.85-2.983.870.1765.1266966872199.2
2.98-3.143.880.1376.12680868800.9399.4
3.14-3.343.880.1197.22690269070.9499.4
3.34-3.63.80.1296.62668469051.0399.5
3.6-3.963.730.1118.22629269150.9299.4
3.96-4.533.870.06513.52696869340.8399.7
4.53-5.73.860.06912.72705569890.7699.6
5.7-35.363.790.05416.22662769860.8798.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータ削減
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→35.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.561 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 3466 5 %RANDOM
Rwork0.2397 ---
all0.293 69139 --
obs0.2406 68856 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.61 Å2 / Biso mean: 55.3717 Å2 / Biso min: 16.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.12 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14066 0 125 304 14495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8651.98119406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.46651796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74123.846650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.207152676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.14315118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.22222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.58876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54214310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40235534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5374.55096
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 7102 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.410.5
MEDIUM THERMAL1.172
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 252 -
Rwork0.348 4784 -
all-5036 -
obs--98.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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