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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fpb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Recombinant Human Hexokinase Type I with 1,5-Anhydroglucitol 6-Phosphate | ||||||
![]() | Hexokinase-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HEXOKINASE / 1 / 5-ANHYDROGLUCITOL 6-PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / GDP-mannose biosynthetic process from mannose / hexokinase activity / Synthesis of GDP-mannose / carbohydrate phosphorylation / maintenance of protein location in mitochondrion / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase ...Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / GDP-mannose biosynthetic process from mannose / hexokinase activity / Synthesis of GDP-mannose / carbohydrate phosphorylation / maintenance of protein location in mitochondrion / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / GDP-mannose biosynthetic process / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / positive regulation of cytokine production involved in immune response / glucose 6-phosphate metabolic process / peptidoglycan binding / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / inflammatory response / membrane raft / innate immune response / mitochondrion / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shen, L. / Honzatko, R.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibitor Sites of Unequal Affinity Linked by Binding Synergism in Mutant Forms of Recombinant Human Hexokinase Type-I 著者: Shen, L. / Gao, Y. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 290.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 602.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 102625.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 8分子 


#2: 糖 | ChemComp-BGC / #3: 糖 | ChemComp-0WK / |
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-非ポリマー , 3種, 199分子 




#4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, PEG 8000, sodium acetate, sodium citrate, pH 6.0, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→46.24 Å / Num. all: 56036 / Num. obs: 39509 / % possible obs: 82.74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 144.43 Å2 / Biso mean: 77.4599 Å2 / Biso min: 30.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 7101 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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