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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d1s | ||||||
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タイトル | WILD-TYPE HUMAN SIGMA (CLASS IV) ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ROSSMAN OR DINUCLEOTIDE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ω-ヒドロキシデカン酸デヒドロゲナーゼ / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent ...Ω-ヒドロキシデカン酸デヒドロゲナーゼ / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / retinol binding / response to bacterium / response to ethanol / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, P.T. / Hurley, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Methionine-141 directly influences the binding of 4-methylpyrazole in human sigma sigma alcohol dehydrogenase. 著者: Xie, P.T. / Hurley, T.D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: X-ray structure of human class IV sigma-sigma alcohol dehydrogenase 著者: Xie, P.T. / Parsons, S.H. / Speckhard, D.C. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d1s.cif.gz | 302.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d1s.ent.gz | 245.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 39924.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40394, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 449分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-CAC / #5: 化合物 | ChemComp-NAD / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 64199 / Num. obs: 58678 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.33 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 254379 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0.5 / σ(I): 0.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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