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- PDB-1crw: CRYSTAL STRUCTURE OF APO-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1crw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF APO-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM PALINURUS VERSICOLOR AT 2.0A RESOLUTION
要素D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FREE-NAD GAPDH
機能・相同性
機能・相同性情報


グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Palinurus versicolor (ごしきえび)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Shen, Y. / Li, J. / Song, S. / Lin, Z.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of apo-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Palinurus versicolor.
著者: Shen, Y.Q. / Li, J. / Song, S.Y. / Lin, Z.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of Holo-Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Palinurus Versicolor Refined at 2A Resolution
著者: Song, S. / Li, J. / Lin, Z.
履歴
登録1999年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年7月7日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE
R: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5342
ポリマ－71,5342
非ポリマー00
水5,855325
1
G: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE
R: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE

G: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE
R: D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0684
ポリマ－143,0684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area44540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.45, 99.84, 80.79
Angle α, β, γ (deg.)90, 115.14, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological tetramer is obtained by the two-fold symmetry operation of chain G and chain R.

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要素

#1: タンパク質 D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE


分子量: 35767.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Palinurus versicolor (ごしきえび) / 組織: TAIL MUSCLE
参照: UniProt: P56649, グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
詳細: Song, S.Y., (1988) Sci. Chin., 3, 313.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 154634 / Num. obs: 54995 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0706
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / Num. unique all: 54995
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 45695 / % possible obs: 74.5 % / Num. measured all: 136230

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
WEISデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 4206 -RANDOM
Rwork0.165 ---
all-54995 --
obs-41698 74.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5012 0 0 325 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.87
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg25.68
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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