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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c0f | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DICTYOSTELIUM CAATP-ACTIN IN COMPLEX WITH GELSOLIN SEGMENT 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / CA ACTIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / intranuclear rod / Platelet degranulation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 走光性 / leading edge of lamellipodium / ファゴリソソーム / macropinocytic cup / cell pole ...RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / intranuclear rod / Platelet degranulation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 走光性 / leading edge of lamellipodium / ファゴリソソーム / macropinocytic cup / cell pole / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / sequestering of actin monomers / regulation of podosome assembly / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / plasma membrane repair / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cell projection assembly / early phagosome / cardiac muscle cell contraction / hyperosmotic response / podosome / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / relaxation of cardiac muscle / phagocytic cup / phagocytosis, engulfment / myosin binding / cortical actin cytoskeleton / hepatocyte apoptotic process / cell leading edge / 仮足 / mitotic cytokinesis / endocytic vesicle / cilium assembly / 筋形質 / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / 食作用 / vesicle-mediated transport / response to cAMP / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / lipid droplet / central nervous system development / actin filament organization / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein destabilization / cell morphogenesis / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / エンドサイトーシス / 走化性 / actin filament binding / cell-cell junction / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / 細胞皮質 / blood microparticle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / hydrolase activity / Amyloid fiber formation / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Matsuura, Y. / Stewart, M. / Kawamoto, M. / Kamiya, N. / Saeki, K. / Yasunaga, T. / Wakabayashi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for the higher Ca(2+)-activation of the regulated actin-activated myosin ATPase observed with Dictyostelium/Tetrahymena actin chimeras 著者: Matsuura, Y. / Stewart, M. / Kawamoto, M. / Kamiya, N. / Saeki, K. / Yasunaga, T. / Wakabayashi, T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Structure of gelsolin segment 1-actin complex and the mechanism of filament severing 著者: McLaughlin, P.J. / Gooch, J.T. / Mannherz, H.G. / Weeds, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c0f.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c0f.ent.gz | 96.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14205.001 Da / 分子数: 1 / 変異: N35C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 40957.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 参照: UniProt: P07830 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, ATP, CALCIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, DITHIOTHREITOL, PEG 6000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.1 Å / Num. obs: 27962 / % possible obs: 94.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.155 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94.9 % / Num. measured all: 68469 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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