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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1byo | ||||||
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タイトル | WILD-TYPE PLASTOCYANIN FROM SILENE | ||||||
要素 | PROTEIN (PLASTOCYANIN) | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Silene latifolia subsp. alba (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sugawara, H. / Inoue, T. / Li, C. / Gotowda, M. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of wild-type and mutant plastocyanins from a higher plant, Silene. 著者: Sugawara, H. / Inoue, T. / Li, C. / Gotowda, M. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Plastocyanin from Silene Expressed in E. Coli 著者: Li, C. / Inoue, T. / Gotowda, M. / Hamada, K. / Nishio, N. / Hibino, T. / Takabe, T. / Kai, Y. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect.B / 年: 1992 タイトル: Accuracy and Precision in Protein Structure Analysis: Restrained Least-Squares Refinement of the Structure of Poplar Plastocyanin at 1.33 Angstroms Resolution 著者: Guss, J.M. / Bartunik, H.D. / Freeman, H.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1byo.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1byo.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1byo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10401.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Silene latifolia subsp. alba (植物) 生物種: Silene latifolia / 株: subsp. alba / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07030 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 53% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFER, pH 5.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 11515 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 44196 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PCY 1pcy 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_planar_d / Dev ideal target: 0.05 |