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万見
- PDB-1teg: Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1teg
タイトルCrystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond
要素Plastocyanin, chloroplast
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Plastocyanin / disulfide bond / mutant / blue copper protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Plastocyanin, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS STRUCTURE / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Okvist, M. / Jacobson, F. / Jansson, H. / Hansson, O. / Sjolin, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Novel Disulfide Bonds Effect the Thermostability of Plastocyanin. Crystal structures of the triple plastocyanin mutant G8D/K30C/T69C and the double plastocyanin mutant K30C/T69C from ...タイトル: Novel Disulfide Bonds Effect the Thermostability of Plastocyanin. Crystal structures of the triple plastocyanin mutant G8D/K30C/T69C and the double plastocyanin mutant K30C/T69C from spinach at 1.90 A and 1.96 A resolution, respectively.
著者: Okvist, M. / Jacobson, F. / Jansson, H. / Hansson, O. / Sjolin, L.
履歴
登録2004年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastocyanin, chloroplast
B: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9565
ポリマ－20,7932
非ポリマー1633
水1,54986
1
A: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4963
ポリマ－10,3971
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4602
ポリマ－10,3971
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.196, 52.196, 126.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-138-

HOH

21B-141-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Plastocyanin, chloroplast


分子量: 10396.559 Da / 分子数: 2 / 変異: K30C, T69C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: PETE / プラスミド: pUG101tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: P00289
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.095 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月25日
放射モノクロメーター: FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.095 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45.2 Å / Num. all: 14601 / Num. obs: 14601 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -99.9 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 10.83 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34.15
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 6.86 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 6.97 / % possible all: 90.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS STRUCTURE
開始モデル: PDB entry 1tef - G8D,K30C,T69C tripple mutant.

1tef


解像度: 1.96→45.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1349137.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 707 4.8 %RANDOM
Rwork0.287 ---
obs0.287 14601 97.6 %-
all-14601 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6002 Å2 / ksol: 0.356242 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å2-0.1 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 3 86 1547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.82.5
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 100 5.1 %
Rwork0.308 1846 -
obs--78.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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