+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b0i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS | ||||||
要素 | PROTEIN (ALPHA-AMYLASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-AMYLASE / ALPHA-1 / 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / BETA-ALPHA-EIGHT BARREL / PSYCHROPHILIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Aghajari, N. / Haser, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Structures of the psychrophilic Alteromonas haloplanctis alpha-amylase give insights into cold adaptation at a molecular level. 著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C. / Haser, R. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Crystal Structures of the Psychrophilic Alpha-amylase from Alteromonas Haloplanctis in Its Native Form and Complexed with an Inhibitor 著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C.H. / Haser, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b0i.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1b0i.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1aqhS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49380.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア) 株: ALTEROMONAS HALOPLANCTIS A23 / 遺伝子: AMY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 21666 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.682 / % possible all: 95.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 128066 / Rmerge(I) obs: 0.177 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WILDTYPE AHA (1AQH) 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.0046 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT REFINEMENT HAS BEEN APPLIED THROUGHOUT THE REFINEMENT PROCESS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.316 / Rfactor Rwork: 0.274 |