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- PDB-5zuy: Crystal structure of E134H mutant of phosphomannose isomerase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zuy
タイトルCrystal structure of E134H mutant of phosphomannose isomerase from Salmonella typhimurium
要素Mannose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / zinc binding / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-6-phosphate isomerase / mannose-6-phosphate isomerase activity / GDP-mannose biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphomannose Isomerase; domain 2 / Phosphomannose Isomerase, domain 2 / Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphomannose isomerase, type I, conserved site / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / : / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Phosphomannose isomerase type I signature 1. / Phosphomannose isomerase type I signature 2. ...Phosphomannose Isomerase; domain 2 / Phosphomannose Isomerase, domain 2 / Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphomannose isomerase, type I, conserved site / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / : / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Phosphomannose isomerase type I signature 1. / Phosphomannose isomerase type I signature 2. / Mannose-6-phosphate isomerase, type I / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / Phosphomannose isomerase type I C-terminal / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bangera, M. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insights into phosphomannose isomerase: the role of zinc and catalytic residues.
著者: Bangera, M. / Gowda K, G. / Sagurthi, S.R. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9864
ポリマ－42,8001
非ポリマー1863
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area16380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.180, 92.390, 111.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphohexomutase / Phosphomannose isomerase / PMI


分子量: 42799.723 Da / 分子数: 1 / 変異: E134H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: manA, pmi, STM1467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25081, mannose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.2 M Sodium cacodylate pH 6.8, 20% PEG 8000, 5% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.15 Å / Num. obs: 26137 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rsym value: 0.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H1M

3h1m


解像度: 2→37.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.238 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24132 1325 5.1 %RANDOM
Rwork0.17589 ---
obs0.17916 24714 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å2-0 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→37.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2966 0 12 328 3306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.9714157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82436735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4265396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37924.961129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28315487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1041.3311572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1021.331571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.751.9891963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.751.991964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4831.5151486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.471.5151486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3212.1992192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.02812.1733576
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.02812.1773577
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 89 -
Rwork0.204 1799 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.1631 Å / Origin y: 9.2394 Å / Origin z: 125.3548 Å
111213212223313233
T0.0433 Å2-0.0038 Å2-0.004 Å2-0.0062 Å20.0032 Å2--0.0129 Å2
L0.6988 °2-0.2105 °2-0.2617 °2-1.5224 °20.809 °2--1.3133 °2
S0.0144 Å °0.0025 Å °-0.0408 Å °0.1052 Å °-0.0175 Å °0.0586 Å °0.0361 Å °0.0297 Å °0.0031 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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