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万見
- PDB-1aqm: ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS COMPLEXED WITH TRIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqm
タイトルALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS COMPLEXED WITH TRIS
要素ALPHA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE / ALPHA-AMYLASE / ALPHA-1 / 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / BETA-ALPHA-EIGHT BARREL / PSYCHROPHILIC ENZYME / GLYCOSIDASE INHIBITION
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Aghajari, N. / Haser, R.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of the psychrophilic alpha-amylase from Alteromonas haloplanctis in its native form and complexed with an inhibitor.
著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C. / Haser, R.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structures of the Psychrophilic Alteromonas Haloplanctis Alpha-Amylase Give Insights Into Cold Adaptation at a Molecular Level
著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C. / Haser, R.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Alpha-Amylase from the Antarctic Psychrophile Alteromonas Haloplanctis A23
著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C. / Haser, R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure and Molecular Model Refinement of Pig Pancreatic Alpha-Amylase at 2.1 A Resolution
著者: Qian, M. / Haser, R. / Payan, F.
履歴
登録1997年7月31日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5794
ポリマ－49,3811
非ポリマー1983
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 138.900, 115.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-AMYLASE


分子量: 49380.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
株: A23 / 細胞株: RR1 / 遺伝子: AMY / 器官: PANCREAS / 細胞株 (発現宿主): RR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4, 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: prtein to mother liquor ration was 2:1 / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160-70 %MPD1reservoir
20.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43 Å / Num. obs: 42049 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 61.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 153351 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.8 % / Rmerge(I) obs: 0.499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PORCINE PANCREAS ALPHA-AMYLASE (QIAN ET AL. J.MOL.BIOL. 231, 785-799 (1993))

解像度: 1.85→43 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT REFINEMENT HAS BEEN APPLIED THROUGHOUT THE REFINEMENT PROCESS, TOPOLOGY AND PARAMETER INPUTS FOR THE TRIS ARE FOUND IN THE FIVE RESIDUES IN THE C-TERMINAL END OF THE ENZYME ARE ...詳細: BULK SOLVENT REFINEMENT HAS BEEN APPLIED THROUGHOUT THE REFINEMENT PROCESS, TOPOLOGY AND PARAMETER INPUTS FOR THE TRIS ARE FOUND IN THE FIVE RESIDUES IN THE C-TERMINAL END OF THE ENZYME ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL AS NO ELECTRON DENSITY WAS PRESENT FOR THESE RESIDUES. DOUBLE CONFORMATIONS HAVE BEEN ASSIGNED TO FOUR RESIDUES: THR 85, LEU 142, LEU 219 AND ARG 373. THE MISSING ATOMS OF GLU 118 IS DUE TO WEAK ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 -10 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.157 42016 87.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 3 231 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3809 --
Rwork0.334 2987 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHO
X-RAY DIFFRACTION3GEN_ALT.INP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.28
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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