PDB-1kxh: Crystal structure of the complex between an inactive mutant of ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kxh

タイトル

Crystal structure of the complex between an inactive mutant of psychrophilic alpha-amylase (D174N) and acarbose

要素

alpha-amylase

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8 barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Aghajari, N. / Haser, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry
タイトル: Crystallographic evidence of a transglycosylation reaction: ternary complexes of a psychrophilic alpha-amylase.
著者: Aghajari, N. / Roth, M. / Haser, R.

履歴

登録	2002年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kxh.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kxh.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g94C 1g9hC 1aqmS 1aqh 1boi C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1aqh-d 1aqm-d 1g9h-d 1jd9-d 1oyh-1 1b0i-d 3f5n-2 1dzh-2 2fr1-d 6l3n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (9) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: alpha-amylase

ヘテロ分子

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.100, 139.900, 115.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

alpha-amylase

分子量: 48946.438 Da / 分子数: 1 / 変異: D174N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase

#2: 多糖

4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ... / alpha-acarbose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.7 Å / Num. all: 24442 / Num. obs: 24442 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2071 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.843	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1AQM

1aqm

解像度: 2.3→27.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.188	2410	RANDOM
R_work	0.138	-	-
all	-	24441	-
obs	-	22031	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3444	0	46	205	3695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.57

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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