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- PDB-6l3n: Crystal Structure of the acyltransferase domain from the third mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l3n
タイトルCrystal Structure of the acyltransferase domain from the third module of the ansamitocin polyketide synthase
要素polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / Polyketide / acyltransferase / ACP-linked extender unit / carrier specificity / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLMALONIC ACID / PHOSPHATE ION / Polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Zhang, F. / Zheng, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31570056 中国
National Science Foundation (China)31770068 中国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Insight into the Recruitment of Acyl Carrier Protein-Linked Extender Units in Ansamitocin Biosynthesis.
著者: Zhang, F. / Ji, H. / Ali, I. / Deng, Z. / Bai, L. / Zheng, J.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polyketide synthase
B: polyketide synthase
C: polyketide synthase
D: polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,08218
ポリマ－181,6724
非ポリマー1,41114
水22,0861226
1
A: polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7234
ポリマ－45,4181
非ポリマー3053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
2
B: polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7234
ポリマ－45,4181
非ポリマー3053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
3
C: polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8185
ポリマ－45,4181
非ポリマー4004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16790 Å2
手法PISA
4
D: polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8185
ポリマ－45,4181
非ポリマー4004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.803, 100.094, 103.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
polyketide synthase


分子量: 45417.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum (バクテリア)
遺伝子: AsmAT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9Y7T8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-DXX / METHYLMALONIC ACID / メチルマロン酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M K2HPO4 (pH 6), 7% PEG 3350 (W/V)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→98.11 Å / Num. obs: 166143 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.83→50 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 25349

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HG4

2hg4


解像度: 1.83→98.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.201 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 8752 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1908 166143 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.66 Å2 / Biso mean: 20.048 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→98.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12426 0 82 1226 13734
Biso mean--28.77 26.13 -
残基数----1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0851.97117356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.654328412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13351674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.60120.93516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.823151888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.66615180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02114412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022728
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 623 -
Rwork0.276 12098 -
all-12721 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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