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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ae5 | ||||||
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タイトル | HUMAN HEPARIN BINDING PROTEIN | ||||||
要素 | HEPARIN BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE HOMOLOG / ENDOTOXIN BINDING (リポ多糖) / HEPARIN BINDING (ヘパリン) / INFLAMMATION (炎症) / ANTIBACTERIAL (抗生物質) / CAP37 / AZUROCIDIN / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neutrophil-mediated killing of bacterium / monocyte activation / cellular extravasation / positive regulation of fractalkine production / protein kinase C signaling / glial cell migration / regulation of vascular permeability / induction of positive chemotaxis / heparan sulfate proteoglycan binding / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...neutrophil-mediated killing of bacterium / monocyte activation / cellular extravasation / positive regulation of fractalkine production / protein kinase C signaling / glial cell migration / regulation of vascular permeability / induction of positive chemotaxis / heparan sulfate proteoglycan binding / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / antimicrobial humoral response / azurophil granule membrane / アズール顆粒 / macrophage chemotaxis / : / positive regulation of cell adhesion / toxic substance binding / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of phagocytosis / cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / microglial cell activation / azurophil granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / heparin binding / peptidase activity / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / 炎症 / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Iversen, L.F. / Kastrup, J.S. / Bjorn, S.E. / Rasmussen, P.B. / Wiberg, F.C. / Flodgaard, H.J. / Larsen, I.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of HBP, a multifunctional protein with a serine proteinase fold. 著者: Iversen, L.F. / Kastrup, J.S. / Bjorn, S.E. / Rasmussen, P.B. / Wiberg, F.C. / Flodgaard, H.J. / Larsen, I.K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Molecular Replacement Solution of Human Heparin Binding Protein 著者: Iversen, L.F. / Kastrup, J.S. / Larsen, I.K. / Bjorn, S.E. / Rasmussen, P.B. / Wiberg, F.C. / Flodgaard, H.J. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: Characterization of Recombinant Human Hbp/CAP37/Azurocidin, a Pleiotropic Mediator of Inflammation-Enhancing Lps-Induced Cytokine Release from Monocytes 著者: Rasmussen, P.B. / Bjorn, S. / Hastrup, S. / Nielsen, P.F. / Norris, K. / Thim, L. / Wiberg, F.C. / Flodgaard, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ae5.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ae5.ent.gz | 40.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ae5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ppfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24302.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF-900 / 細胞株 (発現宿主): SF-900 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): ACMNPV / 参照: UniProt: P20160 | ||
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#2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Iversen, L.F., (1996) Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 1222. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.999 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 12176 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 98.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PPF 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 1 詳細: THERE IS A DISORDERED REGION IN THE STRUCTURE INVOLVING RESIDUES 44 - 48.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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