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- PDB-6ioc: The structure of the H109Q mutant of UdgX in complex with uracil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ioc
タイトルThe structure of the H109Q mutant of UdgX in complex with uracil
要素Phage SPO1 DNA polymerase-related protein
キーワードHYDROLASE / uracil DNA glycosylase / DNA repair / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotidyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 4 / : / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / URACIL / Type-4 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.624 Å
データ登録者Xie, W. / Tu, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870782 中国
National Natural Science Foundation of China31700657 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Suicide inactivation of the uracil DNA glycosylase UdgX by covalent complex formation.
著者: Tu, J. / Chen, R. / Yang, Y. / Cao, W. / Xie, W.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage SPO1 DNA polymerase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9373
ポリマ－22,4741
非ポリマー4642
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.683, 50.711, 38.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phage SPO1 DNA polymerase-related protein


分子量: 22473.541 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-215 / 変異: H109Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc2 155 / 遺伝子: MSMEI_0259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7F541, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.15M Sodium malonate pH 7.0 and 3.8% MPD / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 18944 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 914 / CC1/2: 0.876 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IOA

6ioa


解像度: 1.624→30.827 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 838 4.6 %
Rwork0.1549 --
obs0.1561 18216 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.624→30.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1563 0 16 146 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0142196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.647960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6235-1.72520.24811010.18842451X-RAY DIFFRACTION82
1.7252-1.85840.21651140.16432899X-RAY DIFFRACTION95
1.8584-2.04540.19791670.15462946X-RAY DIFFRACTION98
2.0454-2.34130.1971570.15153005X-RAY DIFFRACTION100
2.3413-2.94940.19491440.16173025X-RAY DIFFRACTION99
2.9494-30.83230.1431550.14443052X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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