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- EMDB-9791: Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9791
タイトルCryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4
マップデータ
試料Human ABCD4
  • ATP-binding cassette sub-family D member 4
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCD4 causes methylmalonic aciduria and homocystinuria, cblj type (MAHCJ) / Cobalamin (Cbl, vitamin B12) transport and metabolism / cobalamin metabolic process / peroxisomal membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ペルオキシソーム / lysosomal membrane / transmembrane transport ...Defective ABCD4 causes methylmalonic aciduria and homocystinuria, cblj type (MAHCJ) / Cobalamin (Cbl, vitamin B12) transport and metabolism / cobalamin metabolic process / peroxisomal membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ペルオキシソーム / lysosomal membrane / transmembrane transport / ATPase activity / endoplasmic reticulum membrane / integral component of membrane / ATP binding
AAA+ ATPase domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ABC transporters family signature. / ABC transporter transmembrane region 2 / ABC輸送体 / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ABC transporter, conserved site / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter-like
ATP-binding cassette sub-family D member 4
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Xu D / Feng Z / Hou WT / Jiang YL / Wang L / Sun LF / Zhou CZ / Chen Y
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910103 中国
National Natural Science Foundation of China31621002 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020304 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / : 2019
タイトル: Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4.
著者: Da Xu / Zhang Feng / Wen-Tao Hou / Yong-Liang Jiang / Liang Wang / Linfeng Sun / Cong-Zhao Zhou / Yuxing Chen /
構造検証レポートPDB-ID: 6jbj

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月11日-
現状2019年9月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6jbj
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.094036005 - 0.16849421
平均 (標準偏差)0.00010282971 (±0.0064872955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0940.1680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Human ABCD4

全体名称: Human ABCD4 / 構成要素数: 3

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構成要素 #1: タンパク質, Human ABCD4

タンパク質名称: Human ABCD4 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #2: タンパク質, ATP-binding cassette sub-family D member 4

タンパク質名称: ATP-binding cassette sub-family D member 4 / 詳細: ATPアデノシン三リン酸 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 73.123719 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #3: リガンド, ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

リガンド名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.507181 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 4.5 mg/mL / pH: 7.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 281 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 276557
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1温度因子: 199
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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