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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5odn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Single-Strand Binding protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Salinibacter ruber (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.598 Å | ||||||
Authors | Pierechod, M. / Rothweiler, U. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein Authors: Pierechod, M. / Rothweiler, U. #1: Journal: Patent / Year: 2018Title: Single-strand binding protein Authors: Pierechod, M. / Willassen, N.P. / Rothweiler, U. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5odn.cif.gz | 379.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5odn.ent.gz | 307.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5odn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5odn_validation.pdf.gz | 547 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5odn_full_validation.pdf.gz | 558.8 KB | Display | |
| Data in XML | 5odn_validation.xml.gz | 30 KB | Display | |
| Data in CIF | 5odn_validation.cif.gz | 43.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1eygS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21901.439 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Salinibacter ruber (strain DSM 13855 / M31) (bacteria)Gene: ssb, SRU_0523 / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 1171.814 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() Salinibacter ruber (bacteria)#3: DNA chain | Mass: 867.621 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() Salinibacter ruber (bacteria)#4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 3350 27% w/v, Tris-HCl pH 8.0, MgCl2 0.25M, ammonium sulphate 1M |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 25, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.598→50 Å / Num. obs: 79148 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 2.3 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 12.71 |
| Reflection shell | Resolution: 2.598→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12799 / CC1/2: 0.706 / Rrim(I) all: 0.594 / % possible all: 98.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1EYG Resolution: 2.598→47.255 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / Phase error: 25.37
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.598→47.255 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Salinibacter ruber (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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