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- PDB-5ezp: Human transthyretin (TTR) complexed with 4-hydroxy-chalcone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezp
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with 4-hydroxy-chalcone
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human transthyretin (TTR) / chalcone / inhibitor complex / new crystal polymorph
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-chalcone / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Polsinelli, I. / Nencetti, S. / Shepard, W.E. / Orlandini, E. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: A new crystal form of human transthyretin obtained with a curcumin derived ligand.
著者: Polsinelli, I. / Nencetti, S. / Shepard, W. / Ciccone, L. / Orlandini, E. / Stura, E.A.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin
E: Transthyretin
F: Transthyretin
G: Transthyretin
H: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,09514
ポリマ－106,9118
非ポリマー1,1836
水5,927329
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1297
ポリマ－53,4564
非ポリマー6733
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
2
E: Transthyretin
F: Transthyretin
G: Transthyretin
H: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9667
ポリマ－53,4564
非ポリマー5113
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.480, 62.480, 238.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROASNASNAA11 - 1246 - 119
21PROPROASNASNBB11 - 1246 - 119
12PROPROASNASNAA11 - 1246 - 119
22PROPROASNASNCC11 - 1246 - 119
13PROPROASNASNAA11 - 1246 - 119
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15PROPROASNASNAA11 - 1246 - 119
25PROPROASNASNFF11 - 1246 - 119
16PROPROASNASNAA11 - 1246 - 119
26PROPROASNASNGG11 - 1246 - 119
17PROPROTHRTHRAA11 - 1236 - 118
27PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
18PROPROGLUGLUBB11 - 1276 - 122
28PROPROGLUGLUCC11 - 1276 - 122
19PROPROPROPROBB11 - 1256 - 120
29PROPROPROPRODD11 - 1256 - 120
110PROPROLYSLYSBB11 - 1266 - 121
210PROPROLYSLYSEE11 - 1266 - 121
111PROPROGLUGLUBB11 - 1276 - 122
211PROPROGLUGLUFF11 - 1276 - 122
112PROPROLYSLYSBB11 - 1266 - 121
212PROPROLYSLYSGG11 - 1266 - 121
113PROPROTHRTHRBB11 - 1236 - 118
213PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
114PROPROPROPROCC11 - 1256 - 120
214PROPROPROPRODD11 - 1256 - 120
115PROPROLYSLYSCC11 - 1266 - 121
215PROPROLYSLYSEE11 - 1266 - 121
116PROPROGLUGLUCC11 - 1276 - 122
216PROPROGLUGLUFF11 - 1276 - 122
117PROPROLYSLYSCC11 - 1266 - 121
217PROPROLYSLYSGG11 - 1266 - 121
118PROPROTHRTHRCC11 - 1236 - 118
218PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
119PROPROPROPRODD11 - 1256 - 120
219PROPROPROPROEE11 - 1256 - 120
120PROPROPROPRODD11 - 1256 - 120
220PROPROPROPROFF11 - 1256 - 120
121PROPROPROPRODD11 - 1256 - 120
221PROPROPROPROGG11 - 1256 - 120
122PROPROTHRTHRDD11 - 1236 - 118
222PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
123PROPROLYSLYSEE11 - 1266 - 121
223PROPROLYSLYSFF11 - 1266 - 121
124CYSCYSLYSLYSEE10 - 1265 - 121
224CYSCYSLYSLYSGG10 - 1265 - 121
125PROPROTHRTHREE11 - 1236 - 118
225PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
126PROPROLYSLYSFF11 - 1266 - 121
226PROPROLYSLYSGG11 - 1266 - 121
127PROPROTHRTHRFF11 - 1236 - 118
227PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118
128PROPROTHRTHRGG11 - 1236 - 118
228PROPROTHRTHRHH11 - 1236 - 118

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
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要素

#1: タンパク質
Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13363.935 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物
ChemComp-IPJ / 4-hydroxy-chalcone / 4-ヒドロキシカルコン


分子量: 224.255 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 5mg/ML in 0.05 M NaCl, 0.025 M Na acetate, pH 5.5 and 0.001 M 4-hydroxychalcone Reservoir: 30% PEG4K, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5 4 boosts (5 M NaCl) Cryoprotectant: CryoSol SM1, 25% PEG ...詳細: Protein: 5mg/ML in 0.05 M NaCl, 0.025 M Na acetate, pH 5.5 and 0.001 M 4-hydroxychalcone Reservoir: 30% PEG4K, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5 4 boosts (5 M NaCl) Cryoprotectant: CryoSol SM1, 25% PEG 4K, 0.1 M (Na acetate, ADA, Bicine) Buffer 20% acid / 80% basic 0.01 M ligand.
PH範囲: 7-8.5 / Temp details: Air conditioned room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo-nozzle
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
詳細: convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 35806 / Num. obs: 35643 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 5.15 % / Rmerge(I) obs: 1.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PMF

4pmf


解像度: 2.5→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 29.486 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.875 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24467 1783 5 %RANDOM
Rwork0.20997 ---
obs0.21173 33860 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0.57 Å2-0 Å2
2---1.14 Å2-0 Å2
3---3.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7257 0 89 329 7675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.027019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8951.95810377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.302316222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2995942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6623.861316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.771151172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1411533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0218563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3143.1233771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3133.1233770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0024.6664712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0014.6664713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6693.5813842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6693.5833843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4555.2115666
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53326.0537995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.53326.0657996
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A122000.1
12B122000.1
21A122480.11
22C122480.11
31A120880.1
32D120880.1
41A122580.1
42E122580.1
51A124620.09
52F124620.09
61A125160.08
62G125160.08
71A121820.11
72H121820.11
81B122740.13
82C122740.13
91B119140.12
92D119140.12
101B119680.13
102E119680.13
111B123340.11
112F123340.11
121B123680.1
122G123680.1
131B119840.12
132H119840.12
141C120220.12
142D120220.12
151C122260.13
152E122260.13
161C126360.11
162F126360.11
171C125200.11
172G125200.11
181C121080.12
182H121080.12
191D120700.11
192E120700.11
201D122340.11
202F122340.11
211D121980.11
212G121980.11
221D119740.12
222H119740.12
231E123960.11
232F123960.11
241E124880.12
242G124880.12
251E119980.12
252H119980.12
261F127480.09
262G127480.09
271F121940.11
272H121940.11
281G126020.11
282H126020.11
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 124 -
Rwork0.384 2356 -
obs--95.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.239-0.4284-0.0750.77740.1620.97770.03520.0463-0.0353-0.084-0.05820.06030.0911-0.11910.02310.28230.09160.01870.2589-0.0080.007643.125427.511-12.1357
20.0898-0.1423-0.08590.24210.09120.9010.03830.06180.0609-0.0104-0.0844-0.1012-0.01240.23490.04610.23650.08120.03950.31190.06860.05659.441638.5477-6.9382
30.778-0.2270.25880.6323-0.1040.8631-0.0652-0.0038-0.00430.1280.0603-0.1162-0.11210.00950.00490.3340.10080.00180.188-0.01510.02750.420739.966117.2466
40.7675-0.89410.0471.1173-0.28610.7663-0.09060.0083-0.07550.0840.07090.08490.153-0.15460.01970.30850.060.06720.25010.00490.019336.645725.088112.5574
50.2579-0.12660.00892.03350.04720.74590.06060.07290.128-0.0939-0.1079-0.07320.01810.27790.04730.27710.06740.03110.24560.05650.066273.05249.883829.5876
60.3576-0.0640.21680.6333-0.43490.39320.08070.0035-0.0265-0.0559-0.04560.0310.0365-0.0099-0.03520.32650.08680.0070.2122-0.01030.005452.64155.271824.7162
70.13420.05550.15810.2977-0.31010.76580.03550.0198-0.03470.1554-0.0929-0.0911-0.07740.07140.05750.4015-0.0168-0.05070.19920.02650.030568.13964.719353.7795
80.3874-0.2216-0.10770.3219-0.3471.21890.1293-0.0611-0.05160.00820.03490.09530.063-0.1373-0.16420.387-0.0401-0.01210.20740.03810.034749.8819-3.571248.91
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7G10 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8H11 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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