PDB-4wns: Crystal structure of Transthyretin complexed with pterostilbene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wns

タイトル

Crystal structure of Transthyretin complexed with pterostilbene

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transthyretin / amyloidosis / negative cooperativity / fibrillogenesis inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.399 Å

データ登録者

Zanotti, G. / Cianci, M. / Folli, C. / Berni, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural evidence for asymmetric ligand binding to transthyretin.
著者: Cianci, M. / Folli, C. / Zonta, F. / Florio, P. / Berni, R. / Zanotti, G.

履歴

登録	2014年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wns.cif.gz	151.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wns.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wnjSC 4wo0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pwh-1 3a4f-1 3cft-1 4pm1-1 2fbr-1 6e73-1 1dvu-1 5u4f-1 3cfn-1 4wnj-1 4y9b-1 4der-1 5cnh-1 3cn4-1 5fw7-1 2flm-1 4tm9-1 3b56-1 1dvt-1 5u4g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.702, 85.583, 64.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-204- 3RL
2	1	B-204- 3RL
3	1	A-334- HOH
4	1	A-351- HOH
5	1	A-352- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-3RL / Pterostilbene / 4-[2-(3,5-ジメトキシフェニル)エテニル]フェノ-ル分子量: 256.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: The protein (5 mg/ml) was in 20 mM sodium phosphate at pH 7. Reservoir solution: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M KCl, 0.05 M sodium phosphate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.399→42.791 Å / Num. obs: 47156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 36.9
反射シェル	解像度: 1.399→1.47 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1647) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WNJ

4wnj

解像度: 1.399→42.79 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1858	4448	4.99 %	Random selection
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.1685	47087	99.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.399→42.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	41	183	2002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.314	2650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.683	678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3992-1.4151	0.2497	141	0.2622	2665	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4151-1.4318	0.2756	144	0.2582	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4318-1.4492	0.2855	153	0.2565	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4492-1.4676	0.2829	146	0.2491	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4676-1.4869	0.2338	148	0.229	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4869-1.5072	0.2385	146	0.2282	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5072-1.5288	0.2405	154	0.2328	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5288-1.5516	0.2189	148	0.2216	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5516-1.5759	0.2124	151	0.2128	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5759-1.6017	0.2436	140	0.1981	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6017-1.6293	0.2088	152	0.1924	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6293-1.6589	0.1973	147	0.1997	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6589-1.6908	0.2236	152	0.192	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6908-1.7254	0.2218	143	0.1921	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7254-1.7629	0.2346	148	0.1989	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7629-1.8039	0.2056	151	0.1905	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8039-1.849	0.1747	152	0.1761	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.849-1.899	0.1654	148	0.1691	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.899-1.9549	0.1795	151	0.1676	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9549-2.018	0.1887	152	0.1629	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.018-2.0901	0.216	155	0.1641	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0901-2.1738	0.2032	147	0.1554	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1738-2.2727	0.1791	142	0.1483	2836	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2727-2.3925	0.1737	149	0.1577	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3925-2.5424	0.164	145	0.1533	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5424-2.7387	0.2004	146	0.1537	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7387-3.0142	0.2	152	0.1616	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0142-3.4502	0.1805	151	0.1508	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4502-4.3462	0.1471	149	0.1377	2802	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3462-42.8115	0.1542	145	0.1662	2825	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.4242 Å / Origin y: 29.9119 Å / Origin z: 47.9005 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1098 Å²	-0.0002 Å²	-0.0255 Å²	-	0.1075 Å²	0.0029 Å²	-	-	0.1256 Å²
L	0.6126 °²	0.0216 °²	-0.3713 °²	-	0.8359 °²	-0.0908 °²	-	-	0.577 °²
S	-0.0452 Å °	-0.0154 Å °	-0.1033 Å °	0.016 Å °	-0.0411 Å °	0.0068 Å °	-0.0081 Å °	0.0176 Å °	0.0688 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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