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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wns | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Transthyretin complexed with pterostilbene | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / transthyretin (トランスサイレチン) / amyloidosis (アミロイドーシス) / negative cooperativity / fibrillogenesis inhibitors | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Cianci, M. / Folli, C. / Berni, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structural evidence for asymmetric ligand binding to transthyretin. 著者: Cianci, M. / Folli, C. / Zonta, F. / Florio, P. / Berni, R. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wns.cif.gz | 151.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wns.ent.gz | 123.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wns.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wns | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-3RL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: The protein (5 mg/ml) was in 20 mM sodium phosphate at pH 7. Reservoir solution: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M KCl, 0.05 M sodium phosphate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.399→42.791 Å / Num. obs: 47156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 36.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.399→1.47 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1647) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WNJ 解像度: 1.399→42.79 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.399→42.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.4242 Å / Origin y: 29.9119 Å / Origin z: 47.9005 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |