+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ui4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of phenamacril-bound F. graminearum myosin I | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Myosin I / phenamcril / ATPase activity / fungicide / F. graminearum | |||||||||
Function / homology | Function and homology information actin cortical patch / myosin complex / cytoskeletal motor activity / calcium-mediated signaling / actin binding / calcium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Gibberella zeae (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | |||||||||
Authors | Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020 Title: Structural basis of Fusarium myosin I inhibition by phenamacril. Authors: Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Cao, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ui4.cif.gz | 336.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ui4.ent.gz | 271.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ui4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4byfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 78760.062 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Uniprot residues 44-735 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (fungus) Strain: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / Gene: FG01410.1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: A0A098D3M4, UniProt: I1RCT2*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 16881.463 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP Residues 2-149 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (fungus) Strain: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / Gene: FGRAMPH1_01T04571 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I1RE19 |
-Non-polymers , 4 types, 29 molecules
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
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#4: Chemical | ChemComp-Q8V / |
#5: Chemical | ChemComp-AGS / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.1 M BIS-TRIS propanol, and 30% (w/v) polyethylene glycol 6,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.12 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 29620 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.66 Å / Num. unique obs: 3504 / CC1/2: 0.45 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BYF Resolution: 2.65→42.9056 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 343.36 Å2 / Biso mean: 92.5816 Å2 / Biso min: 43.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→42.9056 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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