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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ui4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of phenamacril-bound F. graminearum myosin I | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Myosin I (ミオシン) / phenamcril / ATPase activity (ATPアーゼ) / fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) / F. graminearum | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin cortical patch / myosin complex / cytoskeletal motor activity / calcium-mediated signaling / actin binding / calcium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of Fusarium myosin I inhibition by phenamacril. 著者: Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Cao, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ui4.cif.gz | 336.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ui4.ent.gz | 271.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ui4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4byfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 78760.062 Da / 分子数: 1 / 断片: Uniprot residues 44-735 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌) 株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FG01410.1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A098D3M4, UniProt: I1RCT2*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16881.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-149 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌) 株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FGRAMPH1_01T04571 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1RE19 |
-非ポリマー , 4種, 29分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-Q8V / |
#5: 化合物 | ChemComp-AGS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propanol, and 30% (w/v) polyethylene glycol 6,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29620 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / Num. unique obs: 3504 / CC1/2: 0.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BYF 解像度: 2.65→42.9056 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.58
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 343.36 Å2 / Biso mean: 92.5816 Å2 / Biso min: 43.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→42.9056 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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