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万見
- EMDB-9731: Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9731
タイトルStructure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine
マップデータ
試料
  • 複合体: SecA-SecY complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 4種
キーワードSecA / SecY / Translocation / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane protein complex / cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / protein import / outer membrane ...outer membrane protein complex / cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / protein import / outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / monoatomic ion transport / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / DNA damage response / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA ...Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Protein translocase subunit SecY / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Outer membrane protein A / Protein translocase subunit SecA / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア) / Lama glama (ラマ) / Escherichia coli (大腸菌) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Ma CY / Wu XF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500700 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the substrate-engaged SecA-SecY protein translocation machine.
著者: Chengying Ma / Xiaofei Wu / Dongjie Sun / Eunyong Park / Marco A Catipovic / Tom A Rapoport / Ning Gao / Long Li /
要旨: The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are ...The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are transported post-translationally through the SecY channel by the SecA ATPase. How a polypeptide is moved through the SecA-SecY complex is poorly understood, as structural information is lacking. Here, we report an electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of a translocating SecA-SecY complex in a lipid environment. The translocating polypeptide chain can be traced through both SecA and SecY. In the captured transition state of ATP hydrolysis, SecA's two-helix finger is close to the polypeptide, while SecA's clamp interacts with the polypeptide in a sequence-independent manner by inducing a short β-strand. Taking into account previous biochemical and biophysical data, our structure is consistent with a model in which the two-helix finger and clamp cooperate during the ATPase cycle to move a polypeptide through the channel.
履歴
登録2018年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.0242
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  • 原子モデル: PDB-6itc
  • 表面レベル: 0.0242
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9731.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0242 / ムービー #1: 0.0242
最小 - 最大-0.09917147 - 0.14502499
平均 (標準偏差)0.0003700985 (±0.0036889222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0990.1450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SecA-SecY complex

全体名称: SecA-SecY complex
要素
  • 複合体: SecA-SecY complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecA
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecY
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecE
    • タンパク質・ペプチド: Nanobodyナノボディ
    • タンパク質・ペプチド: Translocating peptide
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: Nanobodyナノボディ
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE

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超分子 #1: SecA-SecY complex

超分子名称: SecA-SecY complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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分子 #1: Protein translocase subunit SecA

分子名称: Protein translocase subunit SecA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 88.91618 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌)
配列文字列: MLGILNKMFD PTKRTLNRYE KIANDIDAIR GDYENLSDDA LKHKTIEFKE RLEKGATTDD LLVEAFAVVR EASRRVTGMF PFKVQLMGG VALHDGNIAE MKTGEGKTLT STLPVYLNAL TGKGVHVVTV NEYLASRDAE QMGKIFEFLG LTVGLNLNSM S KDEKREAY ...文字列:
MLGILNKMFD PTKRTLNRYE KIANDIDAIR GDYENLSDDA LKHKTIEFKE RLEKGATTDD LLVEAFAVVR EASRRVTGMF PFKVQLMGG VALHDGNIAE MKTGEGKTLT STLPVYLNAL TGKGVHVVTV NEYLASRDAE QMGKIFEFLG LTVGLNLNSM S KDEKREAY AADITYSTNN ELGFDYLRDN MVLYKEQMVQ RPLHFAVIDE VDSILIDEAR TPLIISGQAA KSTKLYVQAN AF VRTLKAE KDYTYDIKTK AVQLTEEGMT KAEKAFGIDN LFDVKHVALN HHINQALKAH VAMQKDVDYV VEDGQVVIVD SFT GRLMKG RRYSEGLHQA IEAKEGLEIQ NESMTLATIT FQNYFRMYEK LAGMTGTAKT EEEEFRNIYN MQVVTIPTNR PVVR DDRPD LIYRTMEGKF KAVAEDVAQR YMTGQPVLVG TVAVETSELI SKLLKNKGIP HQVLNAKNHE REAQIIEEAG QKGAV TIAT NMAGRGTDIK LGEGVKELGG LAVVGTERHE SRRIDNQLRG RSGRQGDPGI TQFYLSMEDE LMRRFGAERT MAMLDR FGM DDSTPIQSKM VSRAVESSQK RVEGNNFDSR KQLLQYDDVL RQQREVIYKQ RFEVIDSENL REIVENMIKS SLERAIA AY TPREELPEEW KLDGLVDLIN TTYLDEGALE KSDIFGKEPD EMLELIMDRI ITKYNEKEEQ FGKEQMREFE KVIVLRAV D SKWMDHIDAM DQLRQGIHLR AYAQTNPLRE YQMEGFAMFE HMIESIEDEV AKFVMKAEI

UniProtKB: Protein translocase subunit SecA

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分子 #2: Protein translocase subunit SecY

分子名称: Protein translocase subunit SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2
分子量理論値: 46.768301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MFRTISNFMR VSDIRNKIIF TLLMLIVFRI GTFIPVPSVN TDVLKLQDQL NAFGVLNIFC GGALQNFSIF AMGVMPYITA SIIVQLLQM DVVPKFAEWS KQGEMGRRKL AQFTRYFTIV LGFIQALGMS YGFNNLAGGM LIQNPGIGTY LLIAVVLTAG T AFLMWLGE ...文字列:
MFRTISNFMR VSDIRNKIIF TLLMLIVFRI GTFIPVPSVN TDVLKLQDQL NAFGVLNIFC GGALQNFSIF AMGVMPYITA SIIVQLLQM DVVPKFAEWS KQGEMGRRKL AQFTRYFTIV LGFIQALGMS YGFNNLAGGM LIQNPGIGTY LLIAVVLTAG T AFLMWLGE QITAKGVGNG ISIIIFAGIV SGIPTILNQI YAQTFGGLNI VRLLLVALAV VAVIVGVIYI QQAFRKIPIQ YA KRLEGRN PVGGHSTHLP LKVNPAGVIP VIFAVSFLIA PPTIASFFGT NDVTLWIRRT FDYTHPVGMT IYVVLIIAFT YFY AFVQVN PEQMADNLKK QGGYIPGIRP GKNTQEYVTR ILYRLTLVGS LFLAFIAVLP VFFVNFANLP PSAQIGGTSL LIVV GVALE TMKQLESQLV KRHYRGFIK

UniProtKB: Protein translocase subunit SecY

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分子 #3: Protein translocase subunit SecE

分子名称: Protein translocase subunit SecE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2
分子量理論値: 8.2496 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQRVTNFFKE VVRELKKVSW PNRKELVNYT AVVLATVAFF TVFFAVIDLG ISQLIRLVFE GGHHHHHHHH

UniProtKB: Protein translocase subunit SecE

+
分子 #4: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.919544 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVETGGG LVQPGGSLRL SCGASGSIFN MYAMGWYRQA PGKRREVVAR IATDDSTMYP DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCYYQR TVMSQPYWGQ GTQVTVS

+
分子 #5: Translocating peptide

分子名称: Translocating peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.024562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKKTAIAIA VALAGFATVA SYAQYEDGCS GELERQHTFA GGARSISGDG DSPHSYHSG

+
分子 #6: Green fluorescent protein

分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 26.813113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTF(GYS)VQCFS RYPDHM KRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY ITADKQK NG ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTF(GYS)VQCFS RYPDHM KRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY ITADKQK NG IKANFKIRHN IEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT HGMDELYK

UniProtKB: 緑色蛍光タンパク質

+
分子 #7: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.368727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VALVESGGAL VQPGGSLRLS CAASGFPVNR YSMRWYRQAP GKEREWVAGM SAGDRSSYED SVKGRFTISR DDARNTVYLQ MNSLKPEDT AVYYCNVNVG FEYWGQGTQV TVS

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #11: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 5.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130153

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6itc:
Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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