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万見
- EMDB-9395: Electron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9395
タイトルElectron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor
マップデータChikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptorチクングニア熱
試料
  • 複合体: Chikungunya virus with Mxra8 receptor
    • 複合体: Chikungunya virusチクングニア熱
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
      • タンパク質・ペプチド: E3 glycoprotein
    • 複合体: mouse Mxra8 receptor ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Matrix remodeling-associated protein 8
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / host cell cytoplasm / 細胞分化 / membrane => GO:0016020 ...establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / host cell cytoplasm / 細胞分化 / membrane => GO:0016020 / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜 / タンパク質分解 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
トガビリン / Structural polyprotein / Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.99 Å
データ登録者Basore K / Kim AS / Nelson CA / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor.
著者: Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
要旨: Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors.
履歴
登録2019年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年5月22日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nk7
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nk7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度
表面レベル登録者による: 2 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-4.306646 - 6.398281
平均 (標準偏差)0.14662306 (±0.7393429)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 841.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4031.4031.403
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z841.800841.800841.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ513513513
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-4.3076.3980.147

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chikungunya virus with Mxra8 receptor

全体名称: Chikungunya virus with Mxra8 receptor
要素
  • 複合体: Chikungunya virus with Mxra8 receptor
    • 複合体: Chikungunya virusチクングニア熱
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
      • タンパク質・ペプチド: E3 glycoprotein
    • 複合体: mouse Mxra8 receptor ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Matrix remodeling-associated protein 8
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Chikungunya virus with Mxra8 receptor

超分子名称: Chikungunya virus with Mxra8 receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: 181/25
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: Vero

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超分子 #3: mouse Mxra8 receptor ectodomain

超分子名称: mouse Mxra8 receptor ectodomain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トガビリン
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: 181/25
分子量理論値: 47.497906 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNVTVSAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS ...文字列:
YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNVTVSAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESEDVYANTQ LVLQRPSAGT VHVPYSQAPS GF KYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AMNCAVGNMP ISIDIPDAAF TRVVDAPSLT DMSCEVPACT HSSDFGGVAI IKY AASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAECHPPKDH IVNYPASHTT LGVQ DISVT AMSWVQKITG GVGLVVAVAA LILIVVLCVS FSRH

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分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トガビリン
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: 181/25
分子量理論値: 47.077719 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: NFNVYKAIRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERARLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDGRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGRELPC STYAQSTAAT A EEIEVHMP ...文字列:
NFNVYKAIRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERARLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDGRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGRELPC STYAQSTAAT A EEIEVHMP PDTPDRTLMS QQSGNVKITV NSQTVRYKCN CGDSNEGLTT TDKVINNCKV DQCHAAVTNH KKWQYNSPLV PR NAELGDR KGKVHIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVIMLLYPDH PTLLSYRNMG EEPNYQEEWV THKKEIRLTV PTE GLEVTW GNNEPYKYWP QLSTNGTAHG HPHEIILYYY ELYPTMTVVV VSVASFVLLS MVGVAVGMCM CARRRCITPY ELTP GATVP FLLSLICCIR TAKA

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トガビリン
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: 181/25
分子量理論値: 16.428607 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列:
NDCIFEVKHE GKVTGYACLV GDKVMKPAHV KGTIDNADLA KLAFKRSSKY DLECAQIPVH MKSDASKFTH EKPEGYYNWH HGAVQYSGG RFTIPTGAGK PGDSGRPIFD NKGRVVAIVL GGANEGARTA LSVVTWNKDI VTKITPEGAE EW

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分子 #4: E3 glycoprotein

分子名称: E3 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トガビリン
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: 181/25
分子量理論値: 6.95507 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列:
PVMCLLANTT FPCSQPPCTP CCYEKEPEET LRMLEDNVMR PGYYQLLQAS LTCSPHRQRR

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分子 #5: Matrix remodeling-associated protein 8

分子名称: Matrix remodeling-associated protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 30.022596 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSSLVSESVV SLAAGTQAVL RCQSPRMVWT QDRLHDRQRV VHWDLSGGPG SQRRRLVDMY SAGEQRVYEP RDRDRLLLSP SAFHDGNFS LLIRAVDRGD EGVYTCNLHH HYCHLDESLA VRLEVTEDPL LSRAYWDGEK EVLVVAHGAP ALMTCINRAH V WTDRHLEE ...文字列:
SSSLVSESVV SLAAGTQAVL RCQSPRMVWT QDRLHDRQRV VHWDLSGGPG SQRRRLVDMY SAGEQRVYEP RDRDRLLLSP SAFHDGNFS LLIRAVDRGD EGVYTCNLHH HYCHLDESLA VRLEVTEDPL LSRAYWDGEK EVLVVAHGAP ALMTCINRAH V WTDRHLEE AQQVVHWDRQ LPGVSHDRAD RLLDLYASGE RRAYGPPFLR DRVSVNTNAF ARGDFSLRID ELERADEGIY SC HLHHHYC GLHERRVFHL QVTE

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
218.0 mMsucroseスクロース
10.0 mMpotassium phosphate
25.0 mMcitrateクエン酸
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
25.0 mMHEPES
1.0 mMsodium azide

詳細: Mxra8 at pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 120.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 0.458 mbar.l/s O2 and 0.11 mbar.l/s H2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.00 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Chikungunya virus grown in Vero cells + 15 mg/mL Mxra8 expressed in HEK293 cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 10)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta) / 使用した粒子像数: 8357
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3n42

chain_id: B, residue_range: 5-342

3n42

chain_id: F, residue_range: 1-393

3j0c

chain_id: A, residue_range: 394-442

3j0c

chain_id: B, residue_range: 394-423

5h23

chain_id: A, residue_range: 111-261

6nk3

chain_id: A, residue_range: 39-291

3n42

chain_id: A, residue_range: 5-63
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6nk7:
Electron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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