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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9236 | |||||||||
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タイトル | Rabbit 80S ribosome with a Z-site tRNA (unrotated state) | |||||||||
マップデータ | Postprocessed map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Brown A / Baird MR / Yip MCJ / Murray J / Shao S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Structures of translationally inactive mammalian ribosomes. 著者: Alan Brown / Matthew R Baird / Matthew Cj Yip / Jason Murray / Sichen Shao / 要旨: The cellular levels and activities of ribosomes directly regulate gene expression during numerous physiological processes. The mechanisms that globally repress translation are incompletely understood. ...The cellular levels and activities of ribosomes directly regulate gene expression during numerous physiological processes. The mechanisms that globally repress translation are incompletely understood. Here, we use electron cryomicroscopy to analyze inactive ribosomes isolated from mammalian reticulocytes, the penultimate stage of red blood cell differentiation. We identify two types of ribosomes that are translationally repressed by protein interactions. The first comprises ribosomes sequestered with elongation factor 2 (eEF2) by SERPINE mRNA binding protein 1 (SERBP1) occupying the ribosomal mRNA entrance channel. The second type are translationally repressed by a novel ribosome-binding protein, interferon-related developmental regulator 2 (IFRD2), which spans the P and E sites and inserts a C-terminal helix into the mRNA exit channel to preclude translation. IFRD2 binds ribosomes with a tRNA occupying a noncanonical binding site, the 'Z site', on the ribosome. These structures provide functional insights into how ribosomal interactions may suppress translation to regulate gene expression. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9236.map.gz | 11.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9236-v30.xml emd-9236.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9236_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9236.png | 168 KB | ||
その他 | emd_9236_additional.map.gz emd_9236_additional_1.map.gz emd_9236_half_map_1.map.gz emd_9236_half_map_2.map.gz | 217.9 MB 217.9 MB 215.7 MB 215.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9236 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Pre-postprocessed map
ファイル | emd_9236_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Pre-postprocessed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Pre-postprocessed map
ファイル | emd_9236_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Pre-postprocessed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_9236_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_9236_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rabbit 80S ribosome with a Z-site tRNA (unrotated state)
全体 | 名称: Rabbit 80S ribosome with a Z-site tRNA (unrotated state) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rabbit 80S ribosome with a Z-site tRNA (unrotated state)
超分子 | 名称: Rabbit 80S ribosome with a Z-site tRNA (unrotated state) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞中の位置: cytoplasm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-17 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |