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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8819 | ||||||||||||||||||
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タイトル | GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 | ||||||||||||||||||
マップデータ | GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion ...regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Twomey EC / Yelshanskaya MV / Grassucci RA / Frank J / Sobolevsky AI | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Channel opening and gating mechanism in AMPA-subtype glutamate receptors. 著者: Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky / 要旨: AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the ...AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the neurotransmitter glutamate, AMPA receptors are critical for synaptic strength, and dysregulation of AMPA receptor-mediated signalling is linked to numerous neurological diseases. Here we use cryo-electron microscopy to solve the structures of AMPA receptor-auxiliary subunit complexes in the apo, antagonist- and agonist-bound states and determine the iris-like mechanism of ion channel opening. The ion channel selectivity filter is formed by the extended portions of the re-entrant M2 loops, while the helical portions of M2 contribute to extensive hydrophobic interfaces between AMPA receptor subunits in the ion channel. We show how the permeation pathway changes upon channel opening and identify conformational changes throughout the entire AMPA receptor that accompany activation and desensitization. Our findings provide a framework for understanding gating across the family of ionotropic glutamate receptors and the role of AMPA receptors in excitatory neurotransmission. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8819.map.gz | 12 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8819-v30.xml emd-8819.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8819.png | 58.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8819 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8819 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8819_validation.pdf.gz | 344.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8819_full_validation.pdf.gz | 344.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8819_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8819_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8819 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8819 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8819.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
全体 | 名称: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
超分子 | 名称: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
分子 | 名称: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 117.471211 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFIT PSFPTDGTHP FVIQMRPDLK GALLSLIEYY QWDKFAYLYD SDRGLSTLQA VLDSAAEKKW QVTAINVGNI N NDKKDETY ...文字列: NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFIT PSFPTDGTHP FVIQMRPDLK GALLSLIEYY QWDKFAYLYD SDRGLSTLQA VLDSAAEKKW QVTAINVGNI N NDKKDETY RSLFQDLELK KERRVILDCE RDKVNDIVDQ VITIGKHVKG YHYIIANLGF TDGDLLKIQF GGAEVSGFQI VD YDDSLVS KFIERWSTLE EKEYPGAHTA TIKYTSALTY DAVQVMTEAF RNLRKQRIEI SRRGNAGDCL ANPAVPWGQG VEI ERALKQ VQVEGLSGNI KFDQNGKRIN YTINIMELKT NGPRKIGYWS EVDKMVLTED DTSGLEQKTV VVTTILESPY VMMK KNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKIWNGMV GELVYGKADI AIAPLTITLV REEVI DFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVVLFLV SRFSPYEWHT EEFEDGRETQ SSESTN EFG IFNSLWFSLG AFMQQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTANLAA FLTVERMVSP IESAEDLSKQ TEIAYGT LD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGKYA YLLESTMNEY IEQRKPCDTM KVGGNLDS K GYGIATPKGS SLGTPVNLAV LKLSEQGVLD KLKNKWWYDK GECGAKDSGS KEKTSALSLS NVAGVFYILV GGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKGTG KTSRRGRALL AVALNLLALL FATTAFLTTY WCQGTQRVPK PGCGQGGGAN CPNSGANATA NSTAAPVAA SPAGAPYSWE AGDERFQLRR FHTGIWYSCE EELGGPGEKC RSFIDLAPAS EKGVLWLSVV SEVLYILLLV V GFSLMCLE LLHSSSVIDG LKLNAFAAVF TVLSGLLGMV AHMMYTQVFQ VTVSLGPEDW RPHSWDYGWS FCLAWGSFTC CM AASVTTL NSYTKTVIEF |
-分子 #2: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...
分子 | 名称: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZK1 |
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分子量 | 理論値: 409.254 Da |
Chemical component information | ChemComp-ZK1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Gold-gold grids, hydrogen and oxygen glow discharge (20s, 10 watts, 6.4 sccm H2, 27.5 sccm O2) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: GluA2-2xGSG1L ZK DDM map |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26971 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-5wek: |