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- EMDB-8670: CryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8670
タイトルCryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc
試料MsbA with lipid A in POPG nanodisc
由来Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /
マップデータMsbA with lipid A in POPG nanodisc filtered to 4.5 A and with -220 B-factor sharpening
手法単粒子再構成法, 4.5Å分解能
データ登録者Mi W / Walz T / Liao M
引用Nature, 2017

Nature, 2017 StrPapers
Structural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport.
Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao

日付登録: 2017年4月11日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年7月19日 / 最新の更新: 2017年7月19日

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイル未公開(論文掲載時に公開)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.28 Å
密度
表面のレベル:0.0235 (by author)
最小 - 最大-0.061054986 - 0.14212495
平均 (標準偏差)0.000107734224 (0.008882276)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions160160160
Origin-80-80-80
Limit797979
Spacing160160160
セルA=B=C: 204.79999 Å
α=β=γ: 90 deg.

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 MsbA with lipid A in POPG nanodisc

全体名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc
詳細: MsbA expressed from special E.coli strain ClearColi (which has no LPS), mixed with lipid A and reconstituted into POPG nanodisc
構成要素数: 2

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構成要素 #1: タンパク質, MsbA with lipid A in POPG nanodisc

タンパク質名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc
詳細: MsbA expressed from special E.coli strain ClearColi (which has no LPS), mixed with lipid A and reconstituted into POPG nanodisc
組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'bl21-gold(de3)plyss ag' / バクテリア / 画像: Escherichia coli
: ClearColi

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構成要素 #2: タンパク質, MsbA with lipid A in POPG nanodisc

タンパク質名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc / 組換発現: No
由来(合成)発現系: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液pH: 7.5
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 47 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 85496
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 4.5 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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