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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7896 | |||||||||
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タイトル | HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 | |||||||||
マップデータ | HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Turner HL / Cottrell CA / Oyen D / Wilson IA / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2018 タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization. 著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton ...著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner / 要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7896.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7896-v30.xml emd-7896.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7896.png | 22 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7896 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7896_validation.pdf.gz | 425.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7896_full_validation.pdf.gz | 424.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7896_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7896_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6didMC 7552C 7553C 7554C 7555C 7556C 7557C 7570C 7887C 7888C 7889C 7890C 7891C 7892C 7893C 7894C 7895C 7903C 7904C 7906C 6cjkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3...
全体 | 名称: HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3...
超分子 | 名称: HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Model includes fitted atomic structures for HIV Env BG505 SOSIP (PDB ID: 5v8m) and 10A Fab (PDB ID: 6cjk). |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.064277 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: Monoclonal antibody 10A light chain
分子 | 名称: Monoclonal antibody 10A light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.047424 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPAS VEAAVGGTVA IKCQASQSIR SYLAWYQQKP GQPPKLLIYE ASKLASGVPS RFSGSGSGTQ FTLTISGVEC DDAATYYCQ RNYDSYSGAY YPNGFGGGTE VVVKGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV CVANKYFPDV TVTWEVDGTT Q TTGIENSK ...文字列: DIVMTQTPAS VEAAVGGTVA IKCQASQSIR SYLAWYQQKP GQPPKLLIYE ASKLASGVPS RFSGSGSGTQ FTLTISGVEC DDAATYYCQ RNYDSYSGAY YPNGFGGGTE VVVKGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV CVANKYFPDV TVTWEVDGTT Q TTGIENSK TPQNSADCTY NLSSTLTLTS TQYNSHKEYT CKVTQGTTSV VQSFNRGDC |
-分子 #4: Monoclonal antibody 10A heavy chain
分子 | 名称: Monoclonal antibody 10A heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 22.263018 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QLVESGGGLV QPGASLTLTC TASGFSFSSD YYMCWVRQAP GKGLEWIACI WTANSISYYA RWAKGRFTIS KTSSTTVTLQ MTSLTAADT ATYFCARGGS GDGQSLWGPG TLVTVSSGQP KAPSVFPLAP CCGDTPSSTV TLGCLVKGYL PEPVTVTWNS G TLTNGVRT ...文字列: QLVESGGGLV QPGASLTLTC TASGFSFSSD YYMCWVRQAP GKGLEWIACI WTANSISYYA RWAKGRFTIS KTSSTTVTLQ MTSLTAADT ATYFCARGGS GDGQSLWGPG TLVTVSSGQP KAPSVFPLAP CCGDTPSSTV TLGCLVKGYL PEPVTVTWNS G TLTNGVRT FPSVRQSSGL YSLSSVVSVT SSSQPVTCNV AHPATNTKVD KTVAPS |
-分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均露光時間: 8.5 sec. / 平均電子線量: 52.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6did: |