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- EMDB-7458: Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 7458
タイトルStructure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer
マップデータStructure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer
試料Closed trimer assembly of AP-1:Arf1:Tetherin-Nef:
由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.27Å分解能
データ登録者Morris KL / Buffalo CZ / Hurley JH
引用ジャーナル: Cell / : 2018
タイトル: HIV-1 Nefs Are Cargo-Sensitive AP-1 Trimerization Switches in Tetherin Downregulation.
著者: Kyle L Morris / Cosmo Z Buffalo / Christina M Stürzel / Elena Heusinger / Frank Kirchhoff / Xuefeng Ren / James H Hurley
要旨: The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, ...The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, HIV-1 Nef, and the cytosolic tail of the restriction factor tetherin suggested a mechanism for inactivating tetherin by Golgi retention. The 4.3 Å structure of a mutant Nef-induced dimer of AP-1 showed how the closed trimer is regulated by the dileucine loop of Nef. HDX-MS and mutational analysis were used to show how cargo dynamics leads to alternative Arf1 trimerization, directing Nef targets to be either retained at the trans-Golgi or sorted to lysosomes. Phosphorylation of the NL4-3 M-Nef was shown to regulate AP-1 trimerization, explaining how O-Nefs lacking this phosphosite counteract tetherin but most M-Nefs do not. These observations show how the higher-order organization of a vesicular coat can be allosterically modulated to direct cargoes to distinct fates.
日付登録: 2018年2月2日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年3月14日 / マップ公開: 2018年7月25日 / 最新の更新: 2018年8月8日

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_7458.map.gz (map file in CCP4 format, 226493 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
384 pix
1.07 Å/pix.
= 409.728 Å
384 pix
1.07 Å/pix.
= 409.728 Å
384 pix
1.07 Å/pix.
= 409.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面のレベル:0.0192 (by author), 0.0192 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.01473549 - 0.052091196
平均 (標準偏差)0.0002819805 (0.0021372573)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions384384384
Origin0.0.0.
Limit383.383.383.
Spacing384384384
セルA=B=C: 409.72803 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.728409.728409.728
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0150.0520.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Closed trimer assembly of AP-1:Arf1:Tetherin-Nef

全体名称: Closed trimer assembly of AP-1:Arf1:Tetherin-Nef / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Closed trimer assembly of AP-1:Arf1:Tetherin-Nef

タンパク質名称: Closed trimer assembly of AP-1:Arf1:Tetherin-Nef / 組換発現: No
分子量理論値: 700 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.7 mg/ml
緩衝液: 20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
pH: 8
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 294 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 62.4 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 22500. X (公称値), 46849. X (実測値) / Cs: 2.6 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 750.0 - 2000.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2200
Raw dataEMPIAR-10176 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of the flexible and variable oligomeric state complex AP-1:Arf1:tetherin-HIV-Nef
Data size: 115.4
Data #1: Dose weighted particle stack of AP1:Arf1:tetherin-HIV-Nef [picked particles - multiframe - unprocessed])
EMPIAR-10177 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of the flexible and variable oligomeric state complex AP-1:Arf1:tetherin-HIV-Nef
Data size: 34.0
Data #1: Dose weighted particle stack of AP1:Arf1:tetherin-HIV-Nef closed trimer [picked particles - multiframe - unprocessed])
EMPIAR-10178 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of the flexible and variable oligomeric state complex AP-1:Arf1:tetherin-HIV-Nef
Data size: 10.1
Data #1: Dose weight particle stack of AP1:Arf1:tetherin-HIV-Nef closed trimer after monomeric subunit extraction using LocalRec [picked particles - multiframe - processed])

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 61929
3次元再構成分解能: 4.27 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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