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Yorodumi- PDB-5d0q: BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (B... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5d0q | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / outer membrane biogenesis / outer membrane beta-barrel assembly machinery complex / E.coli / outer membrane insertion. | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationBam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Gu, Y. / Paterson, N. / Zeng, Y. / Dong, H. / Wang, W. / Dong, C. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016Title: Structural basis of outer membrane protein insertion by the BAM complex. Authors: Gu, Y. / Li, H. / Dong, H. / Zeng, Y. / Zhang, Z. / Paterson, N.G. / Stansfeld, P.J. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5d0q.cif.gz | 1018.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5d0q.ent.gz | 858.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5d0q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5d0q_validation.pdf.gz | 503.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5d0q_full_validation.pdf.gz | 564.1 KB | Display | |
| Data in XML | 5d0q_validation.xml.gz | 89.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 5d0q_validation.cif.gz | 120 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 91393.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 37297.328 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 28280.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 13717.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.28 Å3/Da / Density % sol: 71.29 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris, pH8.0, 0.1 M MgCl2, 24% PEG500 MME. / PH range: 7.8-8.2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 197 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.5→29.94 Å / Num. obs: 74050 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 26.9 % / Net I/av σ(I): 1.5 / Net I/σ(I): 8.2 |
| Reflection shell | Resolution: 3.5→3.58 Å / Redundancy: 24.7 % / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 3.5→29.943 Å / SU ML: 1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 44.58 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.943 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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