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- EMDB-7430: Single-Molecule 3D Image of Half IgG1 (No. 013) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7430
タイトルSingle-Molecule 3D Image of Half IgG1 (No. 013)
マップデータ
試料Half IgG1
生物種unidentified (未定義)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.7 Å
データ登録者Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1344290 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Single-Molecule 3D Images of "Hole-Hole" IgG1 Homodimers by Individual-Particle Electron Tomography.
著者: Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Hongbin Liu / Thomas E Cleveland / John P Marino / Ming Lei / Gang Ren /
要旨: The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more ...The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more than one antigen. Optimization of engineered IgG requires knowledge of three-dimensional (3D) structure of synthetic IgG. However, due to flexible nature of the molecules, their structural characterization is challenging. Here, we use our reported individual-particle electron tomography (IPET) method with optimized negative-staining (OpNS) for direct 3D reconstruction of individual IgG hole-hole homodimer molecules. The hole-hole homodimer is an undesired variant generated during the production of a bispecific antibody using the knob-into-hole heterodimer technology. A total of 64 IPET 3D density maps at ~15 Å resolutions were reconstructed from 64 individual molecules, revealing 64 unique conformations. In addition to the known Y-shaped conformation, we also observed an unusual X-shaped conformation. The 3D structure of the X-shaped conformation contributes to our understanding of the structural details of the interaction between two heavy chains in the Fc domain. The IPET approach, as an orthogonal technique to characterize the 3D structure of therapeutic antibodies, provides insight into the 3D structural variety and dynamics of heterogeneous IgG molecules.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2018年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7430.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å		2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å		2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.24611783 - 1.7162632
平均 (標準偏差)0.0017903224 (±0.037544113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0430
Dimensions128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.962.962.96
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.880378.880378.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS4300
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2461.7160.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Half IgG1

全体名称: Half IgG1 / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Half IgG1

タンパク質名称: Half IgG1 / 組換発現: No
由来生物種: unidentified (未定義)
由来(合成)発現系: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
発現系の細胞: ovary

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: ネガティブ染色法
試料溶液緩衝液: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) / pH: 7
染色The grid was stained with 1% (w/v) uranyl formate
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: ZEISS LIBRA120PLUS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 70.67 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 80000.0 X (nominal) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / エネルギーフィルター: In-column Omega Filter
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 電子線トモグラフィー法 / セクションの数: 61
詳細: X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
３次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度: 12.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using Individual-Particle Electron Tomography (IPET). The obtained 3D map was Gaussian low-pass filtered to 2 nm. Image of the 3D map was taken in ...詳細: The 3D reconstruction was performed by using Individual-Particle Electron Tomography (IPET). The obtained 3D map was Gaussian low-pass filtered to 2 nm. Image of the 3D map was taken in Chimera with the 'hide dust' function activated.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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