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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7430 | |||||||||||||||
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タイトル | Single-Molecule 3D Image of Half IgG1 (No. 013) | |||||||||||||||
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![]() | Half IgG1 | |||||||||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single-Molecule 3D Images of "Hole-Hole" IgG1 Homodimers by Individual-Particle Electron Tomography. 著者: Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Hongbin Liu / Thomas E Cleveland / John P Marino / Ming Lei / Gang Ren / ![]() 要旨: The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more ...The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more than one antigen. Optimization of engineered IgG requires knowledge of three-dimensional (3D) structure of synthetic IgG. However, due to flexible nature of the molecules, their structural characterization is challenging. Here, we use our reported individual-particle electron tomography (IPET) method with optimized negative-staining (OpNS) for direct 3D reconstruction of individual IgG hole-hole homodimer molecules. The hole-hole homodimer is an undesired variant generated during the production of a bispecific antibody using the knob-into-hole heterodimer technology. A total of 64 IPET 3D density maps at ~15 Å resolutions were reconstructed from 64 individual molecules, revealing 64 unique conformations. In addition to the known Y-shaped conformation, we also observed an unusual X-shaped conformation. The 3D structure of the X-shaped conformation contributes to our understanding of the structural details of the interaction between two heavy chains in the Fc domain. The IPET approach, as an orthogonal technique to characterize the 3D structure of therapeutic antibodies, provides insight into the 3D structural variety and dynamics of heterogeneous IgG molecules. | |||||||||||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
FSC (解像度算出) |
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ヘッダ(付随情報, XML型式) |
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画像 |
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マップデータ |
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アーカイブディレクトリ |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7353C ![]() 7354C ![]() 7355C ![]() 7356C ![]() 7357C ![]() 7358C ![]() 7359C ![]() 7360C ![]() 7361C ![]() 7362C ![]() 7363C ![]() 7364C ![]() 7365C ![]() 7366C ![]() 7367C ![]() 7368C ![]() 7369C ![]() 7370C ![]() 7371C ![]() 7372C ![]() 7373C ![]() 7374C ![]() 7375C ![]() 7376C ![]() 7377C ![]() 7378C ![]() 7379C ![]() 7380C ![]() 7381C ![]() 7382C ![]() 7383C ![]() 7384C ![]() 7385C ![]() 7386C ![]() 7387C ![]() 7388C ![]() 7389C ![]() 7390C ![]() 7391C ![]() 7392C ![]() 7393C ![]() 7394C ![]() 7395C ![]() 7396C ![]() 7397C ![]() 7398C ![]() 7399C ![]() 7400C ![]() 7401C ![]() 7402C ![]() 7404C ![]() 7405C ![]() 7406C ![]() 7407C ![]() 7408C ![]() 7409C ![]() 7410C ![]() 7411C ![]() 7412C ![]() 7413C ![]() 7414C ![]() 7415C ![]() 7416C ![]() 7417C ![]() 7418C ![]() 7419C ![]() 7420C ![]() 7421C ![]() 7422C ![]() 7423C ![]() 7424C ![]() 7425C ![]() 7426C ![]() 7427C ![]() 7428C ![]() 7429C ![]() 7431C ![]() 7432C ![]() 7433C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似形状データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 Half IgG1
全体 | 名称: Half IgG1 / 構成要素数: 1 |
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-構成要素 #1: タンパク質, Half IgG1
タンパク質 | 名称: Half IgG1 / 組換発現: No |
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由来 | 生物種: unidentified (未定義) |
由来(合成) | 発現系: ![]() ![]() ![]() 発現系の細胞: ovary |
-実験情報
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試料調製
試料 | 試料の状態: 粒子 / 手法: ![]() |
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試料溶液 | 緩衝液: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) / pH: 7 |
染色 | The grid was stained with 1% (w/v) uranyl formate |
凍結 | 凍結剤: NONE |
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電子顕微鏡撮影
![]() | 顕微鏡: ZEISS LIBRA120PLUS |
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電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 70.67 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM |
レンズ | 倍率: 80000.0 X (nominal) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | モデル: OTHER |
カメラ | 検出器: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |