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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6989 | ||||||||||||
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タイトル | Inner capsid of Rice Dwarf Virus with T-trimers (Full particle) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nakamichi Y / Miyazaki N / Tsutsumi K / Higashiura A / Narita H / Murata K / Nakagawa A | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: An Assembly Intermediate Structure of Rice Dwarf Virus Reveals a Hierarchical Outer Capsid Shell Assembly Mechanism. 著者: Yusuke Nakamichi / Naoyuki Miyazaki / Kenta Tsutsumi / Akifumi Higashiura / Hirotaka Narita / Kazuyoshi Murata / Atsushi Nakagawa / 要旨: Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric ...Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric protein) exhibiting icosahedral T = 13 symmetry. Here we describe the construction and structural evaluation of an assembly intermediate of the Rice dwarf virus of the family Reoviridae stalled at the second capsid layer via targeted disruption of the trimer-trimer interaction interface in the second-layer capsid protein. Structural determination was performed by conventional and Zernike/Volta phase-contrast cryoelectron microscopy. The assembly defect second-layer capsid trimers bound exclusively to the outer surface of the innermost capsid layer at the icosahedral 3-fold axis. Furthermore, the second-layer assembly could not proceed without specific inter-trimer interactions. Our results suggest that the correct assembly pathway for second-layer capsid formation is highly controlled at the inter-layer and inter-trimer interactions. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6989.map.gz | 112.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6989-v30.xml emd-6989.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6989_fsc.xml | 19.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6989.png | 263.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6989 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6989 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6989_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6989_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6989_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6989 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6989 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rice dwarf virus
全体 | 名称: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rice dwarf virus
超分子 | 名称: Rice dwarf virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10991 / 生物種: Rice dwarf virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: CEOS Cs-corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2804 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |