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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5143 | |||||||||
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タイトル | Ab initio reconstruction of GroEL via the asymmetric random-model method | |||||||||
マップデータ | GroEL | |||||||||
試料 |
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キーワード | random-model method / ab initio reconstruction / GroEL | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sanz E / Stewart AB / Belnap DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010 タイトル: The random-model method enables ab initio 3D reconstruction of asymmetric particles and determination of particle symmetry. 著者: Eduardo Sanz-García / Aaron B Stewart / David M Belnap / 要旨: Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models ...Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models directly from un-averaged, experimental images of asymmetric or symmetric particles. Therefore, the asymmetric RMM can also be used to determine point-group symmetry. The procedure is facilitated by the use of (a) variable angular step-sizes during iterative origin and orientation searches, (b) high numbers of particle images, and (c) highly defocused images. The method is inhibited by mixed-handedness orientation assignments and by particles with inconspicuous features. For symmetric particles, symmetric RMMs can overcome these deficiencies. #1: ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2008 タイトル: A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions 著者: Stagg SM / Lander GC / Quispe J / Voss NR / Cheng A / Bradlow H / Bradlow S / Carragher B / Potter CS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5143.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5143-v30.xml emd-5143.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5143.gif 80_5143.gif emd_5143_1.tif | 61.6 KB 6.3 KB 489.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5143 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5143_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5143_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5143_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5143 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | GroEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GroEL
全体 | 名称: GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1000: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. ...詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. Struct. Biol. 163 (2008) 29-39.Publicly available data set. Number unique components: 14 |
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-超分子 #1: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: GroEL 詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. ...詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. Struct. Biol. 163 (2008) 29-39.Publicly available data set. コピー数: 14 / 集合状態: homo-tetradecamer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Bacteria / 細胞: Escherichia coli |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Mg(OAc)2, 10 mM KOAc, and 2 mM DTT |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grids Cflat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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詳細 | S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. Struct. Biol. 163 (2008) 29-39.Publicly available data set. |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD 詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. ...詳細: S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. Struct. Biol. 163 (2008) 29-39.Publicly available data set. |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 9.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | S.M. Stagg, G.C. Lander, J. Quispe, N.R. Voss, A. Cheng, H. Bradlow, S. Bradlow, B. Carragher, C.S. Potter, A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, J. Struct. Biol. 163 (2008) 29-39.Publicly available data set. |
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CTF補正 | 詳細: Phase-flipped |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT3DR, Bsoft 詳細: Random-model method. Angular step-size was initially set to 20 deg. in the first iteration and gradually decreased by 0.19 deg. in each successive iteration, until a lower limit of 1 deg. was reached. 使用した粒子像数: 6613 |