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万見
- EMDB-5336: Unprocessed map of GroEL obtained with a CCD camera to compare re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5336
タイトルUnprocessed map of GroEL obtained with a CCD camera to compare results from cryo SPA with a DDD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
マップデータThis is a map from approx. 30K particles of GroEL, unfiltered and not amplitude corrected using a CCD camera.
試料
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
キーワードGroEL
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Milazzo AC / Cheng A / Moeller A / Lyumkis D / Jacovetty E / Polukas J / Ellisman MH / Xuong NH / Carragher B / Potter CS
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2011
タイトル: Initial evaluation of a direct detection device detector for single particle cryo-electron microscopy.
著者: Anna-Clare Milazzo / Anchi Cheng / Arne Moeller / Dmitry Lyumkis / Erica Jacovetty / James Polukas / Mark H Ellisman / Nguyen-Huu Xuong / Bridget Carragher / Clinton S Potter /
要旨: We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a ...We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a nominal magnification of 29,000×. This camera has a significantly improved signal to noise ratio and modulation transfer function (MTF) at 200keV compared to a standard CCD camera installed on the same microscope. Control of the DDD has been integrated into Leginon, an automated data collection system. Using GroEL as a test specimen, we obtained images of ∼30K particles with the CCD and the DDD from the same specimen sample using essentially identical imaging conditions. Comparison of the maps reconstructed from the CCD images and the DDD images demonstrates the improved performance of the DDD. We also obtained a 3D reconstruction from ∼70K GroEL particles acquired using the DDD; the quality of the density map demonstrates the potential of this new recording device for cryoEM data acquisition.
履歴
登録2011年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月28日-
マップ公開2011年11月29日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00545
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00545
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5336_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map from approx. 30K particles of GroEL, unfiltered and not amplitude corrected using a CCD camera.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 192 pix.
= 264.96 Å		1.38 Å/pix.
x 192 pix.
= 264.96 Å		1.38 Å/pix.
x 192 pix.
= 264.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00545 / ムービー #1: 0.00545
最小 - 最大-0.02021394 - 0.01674346
平均 (標準偏差)0.00002045 (±0.00282687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.960264.960264.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0200.0170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1000: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: D7 14-mer / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / コピー数: 1 / 集合状態: homotetradecamer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E. coli
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM HEPES, 10mM Mg(OAc)2, 10mM KOAc, 2mM DTT
グリッド詳細: Protochips C-flat grid, holey carbon with 2um holes and 2um spacing 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. Grid plasma cleaned for 20 seconds with Fischione 1020 plasma cleaner using 75 percent argon, 25 percent oxygen mix.
手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 uL sample applied to grid. Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 102 K / 最高: 102 K / 平均: 102 K
アライメント法Legacy - 非点収差: The objective lens astigmatism was corrected automatically using Leginon
Legacy - Electron beam tilt params: beam tilt was less than 0.1 mrad
日付2011年2月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 583 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 108695 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan side-entry 626 cryostage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: CTF correction of each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 30711

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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