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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5142 | |||||||||
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タイトル | Ab initio reconstruction of the avian polyomavirus via the asymmetric random-model method | |||||||||
マップデータ | The avian polyomavirus | |||||||||
試料 |
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キーワード | random-model method / ab initio reconstruction / avian polyomavirus | |||||||||
生物種 | Avian polyomavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sanz E / Stewart AB / Belnap DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010 タイトル: The random-model method enables ab initio 3D reconstruction of asymmetric particles and determination of particle symmetry. 著者: Eduardo Sanz-García / Aaron B Stewart / David M Belnap / 要旨: Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models ...Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models directly from un-averaged, experimental images of asymmetric or symmetric particles. Therefore, the asymmetric RMM can also be used to determine point-group symmetry. The procedure is facilitated by the use of (a) variable angular step-sizes during iterative origin and orientation searches, (b) high numbers of particle images, and (c) highly defocused images. The method is inhibited by mixed-handedness orientation assignments and by particles with inconspicuous features. For symmetric particles, symmetric RMMs can overcome these deficiencies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5142.map.gz | 91.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5142-v30.xml emd-5142.xml | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5142.gif 80_5142.gif emd_5142_1.tif | 77.5 KB 6.3 KB 489.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5142 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5142_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5142_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5142_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5142 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The avian polyomavirus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Avian polyomavirus
全体 | 名称: Avian polyomavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Avian polyomavirus
超分子 | 名称: Avian polyomavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Avian polyomavirus
超分子 | 名称: Avian polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Avian polyomavirus / 生物種: Avian polyomavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Avian polyomavirus |
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宿主 | 生物種: Aves (爬虫類) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 520 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: None |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT3DR, Bsoft 詳細: Random-model method. Angular step-size was initially set to 20 deg. in the first iteration and gradually decreased by 0.19 deg. in each successive iteration, until a lower limit of 1 deg. was reached. 使用した粒子像数: 4198 |