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万見
- EMDB-30636: Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30636
タイトルCryo-EM structure of human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
マップデータCryo-EM map for human XKR8/Basigin complex bound to Fab fragment
試料
  • 複合体: human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
    • 複合体: human XKR8-basigin complex
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin
      • タンパク質・ペプチド: XK-related protein 8
    • 複合体: Fab fragmentFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
  • リガンド: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードXKR8 / basigin (ベイシジン) / scramblase / phospholipid (リン脂質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


tolerance induction to self antigen / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / phospholipid scramblase activity / neutrophil clearance / response to mercury ion / engulfment of apoptotic cell ...tolerance induction to self antigen / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / phospholipid scramblase activity / neutrophil clearance / response to mercury ion / engulfment of apoptotic cell / neural retina development / endothelial tube morphogenesis / ピルビン酸 / apoptotic process involved in development / photoreceptor cell maintenance / Basigin interactions / Aspirin ADME / odontogenesis of dentin-containing tooth / mannose binding / decidualization / photoreceptor outer segment / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of myoblast differentiation / Integrin cell surface interactions / 着床 / response to cAMP / photoreceptor inner segment / Degradation of the extracellular matrix / 好中球 / positive regulation of endothelial cell migration / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / 筋鞘 / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / メラノソーム / virus receptor activity / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / 血管新生 / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / cadherin binding / ゴルジ体 / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
XK-related protein / XK-related protein / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ベイシジン / XK-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sakuragi T / Kanai R
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05785 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K15731 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M1 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M4 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am010172 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101072 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101072 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: The tertiary structure of the human Xkr8-Basigin complex that scrambles phospholipids at plasma membranes.
著者: Takaharu Sakuragi / Ryuta Kanai / Akihisa Tsutsumi / Hirotaka Narita / Eriko Onishi / Kohei Nishino / Takuya Miyazaki / Takeshi Baba / Hidetaka Kosako / Atsushi Nakagawa / Masahide Kikkawa / ...著者: Takaharu Sakuragi / Ryuta Kanai / Akihisa Tsutsumi / Hirotaka Narita / Eriko Onishi / Kohei Nishino / Takuya Miyazaki / Takeshi Baba / Hidetaka Kosako / Atsushi Nakagawa / Masahide Kikkawa / Chikashi Toyoshima / Shigekazu Nagata /
要旨: Xkr8-Basigin is a plasma membrane phospholipid scramblase activated by kinases or caspases. We combined cryo-EM and X-ray crystallography to investigate its structure at an overall resolution of 3. ...Xkr8-Basigin is a plasma membrane phospholipid scramblase activated by kinases or caspases. We combined cryo-EM and X-ray crystallography to investigate its structure at an overall resolution of 3.8 Å. Its membrane-spanning region carrying 22 charged amino acids adopts a cuboid-like structure stabilized by salt bridges between hydrophilic residues in transmembrane helices. Phosphatidylcholine binding was observed in a hydrophobic cleft on the surface exposed to the outer leaflet of the plasma membrane. Six charged residues placed from top to bottom inside the molecule were essential for scrambling phospholipids in inward and outward directions, apparently providing a pathway for their translocation. A tryptophan residue was present between the head group of phosphatidylcholine and the extracellular end of the path. Its mutation to alanine made the Xkr8-Basigin complex constitutively active, indicating that it plays a vital role in regulating its scramblase activity. The structure of Xkr8-Basigin provides insights into the molecular mechanisms underlying phospholipid scrambling.
履歴
登録2020年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0552
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0552
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dce
  • 表面レベル: 0.0552
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map for human XKR8/Basigin complex bound to Fab fragment
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0552 / ムービー #1: 0.0552
最小 - 最大-0.25718895 - 0.4062504
平均 (標準偏差)0.00086290436 (±0.010654351)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 199.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2451.2451.245
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z199.200199.200199.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-250-250-250
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2570.4060.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment

全体名称: human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
要素
  • 複合体: human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
    • 複合体: human XKR8-basigin complex
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin
      • タンパク質・ペプチド: XK-related protein 8
    • 複合体: Fab fragmentFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
  • リガンド: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment

超分子名称: human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 110 KDa

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超分子 #2: human XKR8-basigin complex

超分子名称: human XKR8-basigin complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab fragment

超分子名称: Fab fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Isoform 2 of Basigin

分子名称: Isoform 2 of Basigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.592814 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
AGPPRVKAVK SSEHINEGET AMLVCKSESV PPVTDWAWYK ITDSEDKALM QGSESRFFVS SSQGRSELHI ENLNMEADPG QYRCQGTSS KGSDQAIITL RVRSHLAALW PFLGIVAEVL VLVTIIFIYE KRRKPEDVLD DDDAGSAPLK SSGQHQNDKG K NVRQRNSS DYKDDDDK

UniProtKB: ベイシジン

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分子 #2: XK-related protein 8

分子名称: XK-related protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.975609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPWSSRGALL RDLVLGVLGT AAFLLDLGTD LWAAVQYALG GRYLWAALVL ALLGLASVAL QLFSWLWLRA DPAGLHGSQP PRRCLALLH LLQLGYLYRC VQELRQGLLV WQQEEPSEFD LAYADFLALD ISMLRLFETF LETAPQLTLV LAIMLQSGRA E YYQWVGIC ...文字列:
MPWSSRGALL RDLVLGVLGT AAFLLDLGTD LWAAVQYALG GRYLWAALVL ALLGLASVAL QLFSWLWLRA DPAGLHGSQP PRRCLALLH LLQLGYLYRC VQELRQGLLV WQQEEPSEFD LAYADFLALD ISMLRLFETF LETAPQLTLV LAIMLQSGRA E YYQWVGIC TSFLGISWAL LDYHRALRTC LPSKPLLGLG SSVIYFLWNL LLLWPRVLAV ALFSALFPSY VALHFLGLWL VL LLWVWLQ GTDFMPDPSS EWLYRVTVAT ILYFSWFNVA EGRTRGRAII HFAFLLSDSI LLVATWVTHS SWLPSGIPLQ LWL PVGCGC FFLGLALRLV YYHWLHPSCC WKPDPDQVDG ARSLLSPEGY QLPQNRRMTH LAQKFFPKAK DEAASPVKGV DEFE NLYFQ

UniProtKB: XK-related protein 8

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分子 #3: Heavy chain of Fab fragment

分子名称: Heavy chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.869639 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (PCA)SVEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSD YAMNWVRQAP GKGLEWIGII YASGSRYYAS WAKGRFTISK TSTTVD LKI TSPTTEDTAT YFCARYYAGS DIWGPGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSG AL ...文字列:
(PCA)SVEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSD YAMNWVRQAP GKGLEWIGII YASGSRYYAS WAKGRFTISK TSTTVD LKI TSPTTEDTAT YFCARYYAGS DIWGPGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSG AL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDK

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分子 #4: Light chain of Fab fragment

分子名称: Light chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.261865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ADVVMTQTPS SVSAAVGGTV TINCQASQSI SAYLAWYQQK PGQPPKLLIY DASDLASGVS SRFKGSGSGT QFTLTISALE CADAATYYC QSYYAIITYG AAFGGGTEVV VKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
ADVVMTQTPS SVSAAVGGTV TINCQASQSI SAYLAWYQQK PGQPPKLLIY DASDLASGVS SRFKGSGSGT QFTLTISALE CADAATYYC QSYYAIITYG AAFGGGTEVV VKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDCTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #5: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: DLP
分子量理論値: 782.082 Da
Chemical component information

ChemComp-DLP:
1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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