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- EMDB-30141: Mature Phage t7 core -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30141
タイトルMature Phage t7 core
マップデータ
試料Mature Phage t7 core
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen WY / Xiao H
資金援助1件
OrganizationGrant number
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Protein Cell / : 2020
タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation.
著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
履歴
登録2020年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 320 pix.
= 406.4 Å
1.27 Å/pix.
x 320 pix.
= 406.4 Å
1.27 Å/pix.
x 320 pix.
= 406.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-4.6791635 - 9.253939
平均 (標準偏差)0.078717895 (±0.7499717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-252-252-252
Dimensions320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 406.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.400406.400406.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-252-252-252
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-4.6799.2540.079

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Mature Phage t7 core

全体名称: Mature Phage t7 core / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Mature Phage t7 core

タンパク質名称: Mature Phage t7 core / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 24 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 55212
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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