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万見
- EMDB-29673: Bulky DNA lesion recognition complex 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29673
タイトルBulky DNA lesion recognition complex 3
マップデータ
試料
  • 複合体: bulky DNA lesion recognition complex 3
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
    • DNA: x 2種
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kim J / Yang W
資金援助 米国, 日本, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK075037 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H06307 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H03598 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Lesion recognition by XPC, TFIIH and XPA in DNA excision repair.
著者: Jinseok Kim / Chia-Lung Li / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Filip M Golebiowski / Huaibin Wang / Fumio Hanaoka / Kaoru Sugasawa / Wei Yang /
要旨: Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA ...Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA polymerase in transcription-coupled repair, damaged DNA is transferred to the seven-subunit TFIIH core complex (Core7) for verification and dual incisions by the XPF and XPG nucleases. Structures capturing lesion recognition by the yeast XPC homologue Rad4 and TFIIH in transcription initiation or DNA repair have been separately reported. How two different lesion recognition pathways converge and how the XPB and XPD helicases of Core7 move the DNA lesion for verification are unclear. Here we report on structures revealing DNA lesion recognition by human XPC and DNA lesion hand-off from XPC to Core7 and XPA. XPA, which binds between XPB and XPD, kinks the DNA duplex and shifts XPC and the DNA lesion by nearly a helical turn relative to Core7. The DNA lesion is thus positioned outside of Core7, as would occur with RNA polymerase. XPB and XPD, which track the lesion-containing strand but translocate DNA in opposite directions, push and pull the lesion-containing strand into XPD for verification.
履歴
登録2023年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月17日-
現状2023年5月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29673.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0055
最小 - 最大-0.011614569 - 0.035504956
平均 (標準偏差)0.00012301131 (±0.0010382026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29673_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29673_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bulky DNA lesion recognition complex 3

全体名称: bulky DNA lesion recognition complex 3
要素
  • 複合体: bulky DNA lesion recognition complex 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-C cellsDNA修復
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-A cellsDNA修復
    • DNA: DNA1
    • DNA: DNA2

+
超分子 #1: bulky DNA lesion recognition complex 3

超分子名称: bulky DNA lesion recognition complex 3 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 440 KDa

+
分子 #1: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: mgkrdradrd kkksrkrhye deeddeedap gndpqeavps aagkqvdesg tkvdeygakd yrlqmplkd dhtsrplwva pdghifleaf spvykyaqdf lvaiaepvcr pthvheyklt a yslyaavs vglqtsdite ylrklsktgv pdgimqfikl ctvsygkvkl ...文字列:
mgkrdradrd kkksrkrhye deeddeedap gndpqeavps aagkqvdesg tkvdeygakd yrlqmplkd dhtsrplwva pdghifleaf spvykyaqdf lvaiaepvcr pthvheyklt a yslyaavs vglqtsdite ylrklsktgv pdgimqfikl ctvsygkvkl vlkhnryfve sc hpdviqh llqdpvirec rlrnsegeat elitetftsk saisktaess ggpstsrvtd pqg ksdipm dlfdfyeqmd kdeeeeeetq tvsfevkqem ieelqkrcih leypllaeyd frnd svnpd inidlkptav lrpyqekslr kmfgngrars gvivlpcgag kslvgvtaac tvrkr clvl gnsavsveqw kaqfkmwsti ddsqicrfts dakdkpigcs vaistysmlg httkrs wea ervmewlktq ewglmildev htipakmfrr vltivqahck lgltatlvre ddkivdl nf ligpklyean wmelqnngyi akvqcaevwc pmspefyrey vaiktkkril lytmnpnk f racqflikfh errndkiivf adnvfalkey airlnkpyiy gptsqgermq ilqnfkhnp kintifiskv gdtsfdlpea nvliqisshg gsrrqeaqrl grvlrakkgm vaeeynaffy slvsqdtqe maystkrqrf lvdqgysfkv itklagmeee dlafstkeeq qqllqkvlaa t dldaeeev vagefgsrss qasrrfgtms smsgaddtvy meyhssrska pskhvhplfk rf rk

+
分子 #2: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: mklnvdgllv yfpydyiype qfsymrelkr tldakghgvl empsgtgktv sllalimayq rayplevtk liycsrtvpe iekvieelrk llnfyekqeg eklpflglal ssrknlcihp e vtplrfgk dvdgkchslt asyvraqyqh dtslphcrfy eefdahgrev ...文字列:
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分子 #3: General transcription factor IIH subunit 1

分子名称: General transcription factor IIH subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: matsseevll ivkkvrqkkq dgalylmaer iawapegkdr ftishmyadi kcqkispegk akiqlqlvl hagdttnfhf snestavker davkdllqql lpkfkrkank eleeknrmlq e dpvlfqly kdlvvsqvis aeefwanrln vnatdsssts nhkqdvgisa ...文字列:
matsseevll ivkkvrqkkq dgalylmaer iawapegkdr ftishmyadi kcqkispegk akiqlqlvl hagdttnfhf snestavker davkdllqql lpkfkrkank eleeknrmlq e dpvlfqly kdlvvsqvis aeefwanrln vnatdsssts nhkqdvgisa afladvrpqt dg cnglryn ltsdiiesif rtypavkmky aenvphnmte kefwtrffqs hyfhrdrlnt gsk dlfaec akidekglkt mvslgvknpl ldltaledkp ldegygissv psasnsksik ensn aaiik rfnhhsamvl aaglrkqeaq neqtsepsnm dgnsgdadcf qpavkraklq esiey edlg knnsvktial nlkksdryyh gptpiqslqy atsqdiinsf qsirqemeay tpkltq vls ssaasstita lspggalmqg gtqqainqmv pndiqselkh lyvavgellr hfwscfp vn tpfleekvvk mksnlerfqv tklcpfqeki rrqylstnlv shieemlqta ynklhtwq s rrlmkkt

+
分子 #4: General transcription factor IIH subunit 4

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: mestpsrgln rvhlqcrnlq eflgglspgv ldrlyghpat clavfrelps laknwvmrml fleqplpqa avalwvkkef skaqeestgl lsglriwhtq llpgglqgli lnpifrqnlr i allgggka wsddtsqlgp dkhardvpsl dkyaeerwev vlhfmvgsps ...文字列:
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+
分子 #5: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMDEEPERT KRWEGGYERT WEILKEDESG SLKATIEDIL FKAKRKRVFE HHGQVRLGMM RHLYVVVDGS RTMEDQDLKP NRLTCTLKLL EYFVEEYFDQ NPISQIGIIV TKSKRAEKLT ELSGNPRKHI TSLKKAVDMT CHGEPSLYNS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMDEEPERT KRWEGGYERT WEILKEDESG SLKATIEDIL FKAKRKRVFE HHGQVRLGMM RHLYVVVDGS RTMEDQDLKP NRLTCTLKLL EYFVEEYFDQ NPISQIGIIV TKSKRAEKLT ELSGNPRKHI TSLKKAVDMT CHGEPSLYNS LSIAMQTLKH MPGHTSREVL IIFSSLTTCD PSNIYDLIKT LKAAKIRVSV IGLSAEVRVC TVLARETGGT YHVILDESHY KELLTHHVSP PPASSSSECS LIRMGFPQHT IASLSDQDAK PSFSMAHLDG NTEPGLTLGG YFCPQCRAKY CELPVECKIC GLTLVSAPHL ARSYHHLFPL DAFQEIPLEE YNGERFCYGC QGELKDQHVY VCAVCQNVFC VDCDVFVHDS LHCCPGCIHK IPAPSGV

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分子 #6: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: mvsdedelnl lvivvdanpi wwgkqalkes qftlskcida vmvlgnshlf mnrsnklavi ashiqesrf lypgkngrlg dffgdpgnpp efnpsgskdg kyelltsane viveeikdlm t ksdikgqh tetllagsla kalcyihrmn kevkdnqemk srilvikaae ...文字列:
mvsdedelnl lvivvdanpi wwgkqalkes qftlskcida vmvlgnshlf mnrsnklavi ashiqesrf lypgkngrlg dffgdpgnpp efnpsgskdg kyelltsane viveeikdlm t ksdikgqh tetllagsla kalcyihrmn kevkdnqemk srilvikaae dsalqymnfm nv ifaaqkq nilidacvld sdsgllqqac ditgglylkv pqmpsllqyl lwvflpdqdq rsq lilppp vhvdyraacf chrnlieigy vcsvclsifc nfspicttce tafkislppv lkak kkklk vsa

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分子 #7: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
mvnvlkgvli ecdpamkqfl lyldesnalg kkfiiqdidd thvfviaelv nvlqervgel mdqnafslt qk

+
分子 #8: DNA repair protein complementing XP-C cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-C cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: M D Y K D D D D K H M A R K R A A G G E P R G R E L R S Q K S K A K S K A R R E E E E E D A F E D E K P P K K S L L S K V S Q G K R K R G C S H P G G S A D G P A K K K V A ...文字列:
M D Y K D D D D K H M A R K R A A G G E P R G R E L R S Q K S K A K S K A R R E E E E E D A F E D E K P P K K S L L S K V S Q G K R K R G C S H P G G S A D G P A K K K V A K V T V K S E N L K V I K D E A L S D G D D L R D F P S D L K K A H H L K R G A T M N E D S N E E E E E S E N D W E E V E E L S E P V L G D V R E S T A F S R S L L P V K P V E I E I E T P E Q A K T R E R S E K I K L E F E T Y L R R A M K R F N K G V H E D T H K V H L L C L L A N G F Y R N N I C S Q P D L H A I G L S I I P A R F T R V L P R D V D T Y Y L S N L V K W F I G T F T V N A E L S A S E Q D N L Q T T L E R R F A I Y S A R D D E E L V H I F L L I L R A L Q L L T R L V L S L Q P I P L K S A T A K G K K P S K E R L T A D P G G S S E T S S Q V L E N H T K P K T S K G T K Q E E T F A K G T C R P S A K G K R N K G G R K K R S K P S S S E E D E G P G D K Q E K A T Q R R P H G R E R R V A S R V S Y K E E S G S D E A G S G S D F E L S S G E A S D P S D E D S E P G P P K Q R K A P A P Q R T K A G S K S A S R T H R G S H R K D P S L P V A S S S S S S S K R G K K M C S D G E K A E K R S I A G I D Q W L E V F C E Q E E K W V C V D C V H G V V G Q P L T C Y K Y A T K P M T Y V V G I D S D G W V R D V T Q R Y D P V W M T V T R K C R V D A E W W A E T L R P Y Q S P F M D R E K K E D L E F Q A K H M D Q P L P T A I G L Y K N H P L Y A L K R H L L K Y E A I Y P E T A A I L G Y C R G E A V Y S R D C V H T L H S R D T W L K K A R V V R L G E V P Y K M V K G F S N R A R K A R L A E P Q L R E E N D L G L F G Y W Q T E E Y Q P P V A V D G K V P R N E F G N V Y L F L P S M M P I G C V Q L N L P N L H R V A R K L D I D C V Q A I T G F D F H G G Y S H P V T D G Y I V C E E F K D V L L T A W E N E Q A V I E R K E K E K K E K R A L G N W K L L A K G L L I R E R L K R R Y G P K S E A A A P H T D A G G G L S S D E E E G T S S Q A E A A R I L A A S W P Q N R E D E E K Q K L K G G P K K T K R E K K A A A S H L F P F E K L

+
分子 #9: DNA repair protein complementing XP-A cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-A cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: maaadgalpe aaaleqpael pasvrasier krqralmlrq arlaarpysa taaaatggma nvkaapkii dtgggfilee eeeeeqkigk vvhqpgpvme fdyviceecg kefmdsylmn h fdlptcdn crdaddkhkl itkteakqey llkdcdlekr epplkfivkk ...文字列:
maaadgalpe aaaleqpael pasvrasier krqralmlrq arlaarpysa taaaatggma nvkaapkii dtgggfilee eeeeeqkigk vvhqpgpvme fdyviceecg kefmdsylmn h fdlptcdn crdaddkhkl itkteakqey llkdcdlekr epplkfivkk nphhsqwgdm kl ylklqiv krslevwgsq ealeeakevr qenrekmkqk kfdkkvkelr ravrssvwkr eti vhqhey gpeenleddm yrktctmcgh eltyekm

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分子 #10: DNA1

分子名称: DNA1 / タイプ: dna / ID: 10 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AGGTAGTCAC AGCTGATTGC GCTGAGGAT(Cy5) TAGACGTGCG ATATCTATGC CA

+
分子 #11: DNA2

分子名称: DNA2 / タイプ: dna / ID: 11 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
TGGCATAGAT ATCGCACGTC TATTATCCTC AGCGCAATCA GCTGTGACTA CCT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
25.0 mM4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acid
100.0 mMpotassium chlorideKCl
0.5 %Glycerolグリセリン
2.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
2.0 mM(Tris(2-carboxyethyl)phospine)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6243 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5439765
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ro4

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 177287
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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