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- EMDB-27997: XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27997
タイトルXPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)
マップデータ
試料
  • 複合体: protein DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードprotein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / 9+2 motile cilium / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / photoreceptor connecting cilium / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / heterotrimeric G-protein binding ...nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / 9+2 motile cilium / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / photoreceptor connecting cilium / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / heterotrimeric G-protein binding / central nervous system myelin formation / transcription export complex 2 / response to auditory stimulus / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex / nuclear pore nuclear basket / UV protection / embryonic cleavage / DNA 5'-3' helicase / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / UV-damage excision repair / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / regulation of mitotic cell cycle phase transition / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / spinal cord development / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / hematopoietic stem cell proliferation / erythrocyte maturation / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / bone mineralization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / centriole replication / ATPase activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA Polymerase I Transcription Initiation / glial cell projection / protein localization to nucleus / hematopoietic stem cell differentiation / mRNA transport / embryonic organ development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / transcription-coupled nucleotide-excision repair / response to UV / DNA helicase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / hormone-mediated signaling pathway / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / extracellular matrix organization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-embryonic development / determination of adult lifespan / isomerase activity / nucleotide-excision repair / chromosome segregation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / cellular response to gamma radiation / DNA Damage Recognition in GG-NER / NoRC negatively regulates rRNA expression / base-excision repair / multicellular organism growth / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / microtubule cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / : ...XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / : / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA repair protein complementing XP-A cells / General transcription factor IIH subunit 1 / Centrin-2 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kim J / Yang W
資金援助 米国, 日本, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK075037 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H06307 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H03598 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Lesion recognition by XPC, TFIIH and XPA in DNA excision repair.
著者: Jinseok Kim / Chia-Lung Li / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Filip M Golebiowski / Huaibin Wang / Fumio Hanaoka / Kaoru Sugasawa / Wei Yang /
要旨: Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA ...Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA polymerase in transcription-coupled repair, damaged DNA is transferred to the seven-subunit TFIIH core complex (Core7) for verification and dual incisions by the XPF and XPG nucleases. Structures capturing lesion recognition by the yeast XPC homologue Rad4 and TFIIH in transcription initiation or DNA repair have been separately reported. How two different lesion recognition pathways converge and how the XPB and XPD helicases of Core7 move the DNA lesion for verification are unclear. Here we report on structures revealing DNA lesion recognition by human XPC and DNA lesion hand-off from XPC to Core7 and XPA. XPA, which binds between XPB and XPD, kinks the DNA duplex and shifts XPC and the DNA lesion by nearly a helical turn relative to Core7. The DNA lesion is thus positioned outside of Core7, as would occur with RNA polymerase. XPB and XPD, which track the lesion-containing strand but translocate DNA in opposite directions, push and pull the lesion-containing strand into XPD for verification.
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27997.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å

表面

投影像

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.0073601343 - 0.030616356
平均 (標準偏差)0.00023469262 (±0.0013648528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27997_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27997_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : protein DNA complex

全体名称: protein DNA complex
要素
  • 複合体: protein DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-C cells
    • タンパク質・ペプチド: Centrin-2
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-A cells
    • DNA: DNA (Cy5)
    • DNA: DNA
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: protein DNA complex

超分子名称: protein DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 610 KDa

+
分子 #1: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.404961 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KVDEYGAKDY RLQMPLKDDH TSRPLWVAPD GHIFLEAFSP VYKYAQDFLV AIAEPVCRPT HVHEYKLTAY SLYAAVSVGL QTSDITEYL RKLSKTGVPD GIMQFIKLCT VSYGKVKLVL KHNRYFVESC HPDVIQHLLQ DPVIRECRLR NSEGEATETV S FEVKQEMI ...文字列:
KVDEYGAKDY RLQMPLKDDH TSRPLWVAPD GHIFLEAFSP VYKYAQDFLV AIAEPVCRPT HVHEYKLTAY SLYAAVSVGL QTSDITEYL RKLSKTGVPD GIMQFIKLCT VSYGKVKLVL KHNRYFVESC HPDVIQHLLQ DPVIRECRLR NSEGEATETV S FEVKQEMI EELQKRCIHL EYPLLAEYDF RNDSVNPDIN IDLKPTAVLR PYQEKSLRKM FGNGRARSGV IVLPCGAGKS LV GVTAACT VRKRCLVLGN SAVSVEQWKA QFKMWSTIDD SQICRFTSDA KDKPIGCSVA ISTYSMLGHT TKRSWEAERV MEW LKTQEW GLMILDEVHT IPAKMFRRVL TIVQAHCKLG LTATLVREDD KIVDLNFLIG PKLYEANWME LQNNGYIAKV QCAE VWCPM SPEFYREYVA IKTKKRILLY TMNPNKFRAC QFLIKFHERR NDKIIVFADN VFALKEYAIR LNKPYIYGPT SQGER MQIL QNFKHNPKIN TIFISKVGDT SFDLPEANVL IQISSHGGSR RQEAQRLGRV LRYNAFFYSL VSQDTQEMAY STKRQR FLV DQGYSFKVIT KLAGMEEEDL AFSTKEEQQQ LLQKVLAATD

+
分子 #2: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.58225 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV ...文字列:
MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV PLPAGIYNLD DLKALGRRQG WCPYFLARYS ILHANVVVYS YHYLLDPKIA DLVSKELARK AVVVFDEAHN ID NVCIDSM SVNLTRRTLD RCQGNLETLQ KTVLRIKETD EQRLRDEYRR LVEGLREASA ARETDAHLAN PVLPDEVLQE AVP GSIRTA EHFLGFLRRL LEYVKWRLRV QHVVQESPPA FLSGLAQRVC IQRKPLRFCA ERLRSLLHTL EITDLADFSP LTLL ANFAT LVSTYAKGFT IIIEPFDDRT PTIANPILHF SCMDASLAIK PVFERFQSVI ITSGTLSPLD IYPKILDFHP VTMAT FTMT LARVCLCPMI IGRGNDQVAI SSKFETREDI AVIRNYGNLL LEMSAVVPDG IVAFFTSYQY MESTVASWYE QGILEN IQR NKLLFIETQD GAETSVALEK YQEACENGRG AILLSVARGK VSEGIDFVHH YGRAVIMFGV PYVYTQSRIL KARLEYL RD QFQIRENDFL TFDAMRHAAQ CVGRAIRGKT DYGLMVFADK RFARGDKRGK LPRWIQEHLT DANLNLTVDE GVQVAKYF L RQMAQPFHR

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

+
分子 #3: General transcription factor IIH subunit 1

分子名称: General transcription factor IIH subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.56993 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LEEKNRMLQE DPVLFQLYKD LVVSQVISAE EFWANRLNVN ATDSSSTSNH KQDVGISAAF LADVRPQTDG CNGLRYNLTS DIIESIFRT YPAVKMKYAE NVPHNMTEKE FWTRFFQSHY FHRDRLNTGS KDLFAECAKI DEKGLKTMVS LGVKNPLLDL T ALEDKPLD ...文字列:
LEEKNRMLQE DPVLFQLYKD LVVSQVISAE EFWANRLNVN ATDSSSTSNH KQDVGISAAF LADVRPQTDG CNGLRYNLTS DIIESIFRT YPAVKMKYAE NVPHNMTEKE FWTRFFQSHY FHRDRLNTGS KDLFAECAKI DEKGLKTMVS LGVKNPLLDL T ALEDKPLD EGYGISSVPS ASNSKSIKEN SNAAIIKRFN HHSAMVLAAG LRKQEAQNEQ TSEPSNMDGN SGDADCFQPA VK RAKLQES IEYEDLGKNN SVKTIALNLK KSDRYYHGPT PIQSLQYATS QDIINSFQSI RQEMEAYTPK LTQVLSSSAA SST ITALSP GGALMQGGTQ QAINQMVPND IQSELKHLYV AVGELLRHFW SCFPVNTPFL EEKVVKMKSN LERFQVTKLC PFQE KIRRQ YLSTNLVSHI EEMLQTAYNK LHTWQSRRLM KKT

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 1

+
分子 #4: General transcription factor IIH subunit 4

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.432066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RNLQEFLGGL SPGVLDRLYG HPATCLAVFR ELPSLAKNWV MRMLFLEQPL PQAAVALWVK KEFSKAQEES TGLLSGLRIW HTQLLPGGL QGLILNPIFR QNLRIALLGG GKAWSDDTSQ LGPDKHARDV PSLDKYAEER WEVVLHFMVG SPSAAVSQDL A QLLSQAGL ...文字列:
RNLQEFLGGL SPGVLDRLYG HPATCLAVFR ELPSLAKNWV MRMLFLEQPL PQAAVALWVK KEFSKAQEES TGLLSGLRIW HTQLLPGGL QGLILNPIFR QNLRIALLGG GKAWSDDTSQ LGPDKHARDV PSLDKYAEER WEVVLHFMVG SPSAAVSQDL A QLLSQAGL MKSTEPGEPP CITSAGFQFL LLDTPAQLWY FMLQYLQTAQ SRGMDLVEIL SFLFQLSFST LGKDYSVEGM SD SLLNFLQ HLREFGLVFQ RKRKSRRYYP TRLAINLSSG VSGAGGTVHQ PGFIVVETNY RLYAYTESEL QIALIALFSE MLY RFPNMV VAQVTRESVQ QAIASGITAQ QIIHFLRTRA HPVMLKQTPV LPPTITDQIR LWELERDRLR FTEGVLYNQF LSQV DFELL LAHARELGVL VFENSAKRLM VVTPAGHSDV KRFWKRQKHS S

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 4

+
分子 #5: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.772086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TKRWEGGYER TWEILKEDES GSLKATIEDI LFKAKRKRVF EHHGGVRLGM MRHLYVVVDG SRTMEDQDLK PNRLTCTLKL LEYFVEEYF DQNPISQIGI IVTKSKRAEK LTELSGNPRK HITSLKKAVD MTCHGEPSLY NSLSIAMQTL KHMPGHTSRE V LIIFSSLT ...文字列:
TKRWEGGYER TWEILKEDES GSLKATIEDI LFKAKRKRVF EHHGGVRLGM MRHLYVVVDG SRTMEDQDLK PNRLTCTLKL LEYFVEEYF DQNPISQIGI IVTKSKRAEK LTELSGNPRK HITSLKKAVD MTCHGEPSLY NSLSIAMQTL KHMPGHTSRE V LIIFSSLT TCDPSNIYDL IKTLKAAKIR VSVIGLSAEV RVCTVLARET GGTYHVILDE SHYKELLTHH VSPPPASSSS EC SLIRMGF PQHTIASLSD QDAKPSFSMA HLDGNTEPGL TLGGYFCPQC RAKYCELPVE CKICGLTLVS APHLARSYHH LFP LDAFQE IPLEEYNGER FCYGCQGELK DQHVYVCAVC QNVFCVDCDV FVHDSLHCCP GCIH

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 2

+
分子 #6: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.788727 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DELNLLVIVV DANPIWWGKQ ALKESQFTLS KCIDAVMVLG NSHLFMNRSN KLAVIASHIQ ESRFLYPGKN GRLGDFFGDP GNPPEFNPS GSKDGKYELL TSANEVIVEE IKDLMTKSDI KGQHTETLLA GSLAKALCYI HRMNKEVKDN QEMKSRILVI K AAEDSALQ ...文字列:
DELNLLVIVV DANPIWWGKQ ALKESQFTLS KCIDAVMVLG NSHLFMNRSN KLAVIASHIQ ESRFLYPGKN GRLGDFFGDP GNPPEFNPS GSKDGKYELL TSANEVIVEE IKDLMTKSDI KGQHTETLLA GSLAKALCYI HRMNKEVKDN QEMKSRILVI K AAEDSALQ YMNFMNVIFA AQKQNILIDA CVLDSDSGLL QQACDITGGL YLKVPQMPSL LQYLLWVFLP DQDQRSQLIL PP PVHVDYR AACFCHRNLI EIGYVCSVCL SIFCNFSPIC TTCETAF

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 3

+
分子 #7: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.458625 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
VLKGVLIECD PAMKQFLLYL DESNALGKKF IIQDIDDTHV FVIAELVNVL QERVGELMDQ NAFSLT

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 5

+
分子 #8: DNA repair protein complementing XP-C cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-C cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.55235 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PTAIGLYKNH PLYALKRHLL KYEAIYPETA AILGYCRGEA VYSRDCVHTL HSRDTWLKKA RVVRLGEVPY KMVKGFSNRA RKARLAEPQ LREENDLGLF GYWQTEEYQP PVAVDGKVPR NEFGNVYLFL PSMMPIGCVQ LNLPNLHRVA RKLDIDCVQA I TGFDFHGG ...文字列:
PTAIGLYKNH PLYALKRHLL KYEAIYPETA AILGYCRGEA VYSRDCVHTL HSRDTWLKKA RVVRLGEVPY KMVKGFSNRA RKARLAEPQ LREENDLGLF GYWQTEEYQP PVAVDGKVPR NEFGNVYLFL PSMMPIGCVQ LNLPNLHRVA RKLDIDCVQA I TGFDFHGG YSHPVTDGYI VCEEFKDVLL TAWENEQAVI ERKEKEKKEK RALGNWKLLA KGLLIRERLK RRYGGTSSQA EA ARILAAS WPQNREDEEK QKEKKAAASH LFPFEKL

+
分子 #9: Centrin-2

分子名称: Centrin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.183146 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
KEEILKAFKL FDDDETGKIS FKNLKRVAKE LGENLTDEEL QEMIDEADRD GDGEVSEQEF LRIMKKTSLY

UniProtKB: Centrin-2

+
分子 #10: DNA repair protein complementing XP-A cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-A cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.787939 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
YVICEECGKE FMDSYLMNHF DLPTCDNCRD ADDKHKLITK TEAKQEYLLK DCDLEKREPP LKFIVKKNPH HSQWGDMKLY LKLQIVKRS LEVWGSQEAL EEAKEVRQEN REKMKQKKFD KKVKELRRAV RSSVWKRETI VHQHEYGPEE NLEDDMYRKT C TMCGHELT YEKM

UniProtKB: DNA repair protein complementing XP-A cells

+
分子 #11: DNA (Cy5)

分子名称: DNA (Cy5) / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.914215 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (VM6)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)

+
分子 #12: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.707808 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC) (DT)(DA)(DC)(DC)(DT)

+
分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #15: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acid
100.0 mMKClPotassium Chloride
0.5 %GlycerolGlycerol
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
2.0 mMTCEP(Tris(2-carboxyethyl)phospine)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6243 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1645921
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ro4

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 173440
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ro4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ebt:
XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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