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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28733 | |||||||||
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タイトル | NHEJ Long-range complex with ATP | |||||||||
マップデータ | ATPアデノシン三リン酸 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Kinase (キナーゼ) / NHEJ (非相同末端結合) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA ligation involved in DNA recombination / FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation ...DNA ligation involved in DNA recombination / FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation / positive regulation of platelet formation / DNA end binding / DNAリガーゼ / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA ligase (ATP) activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / single strand break repair / cellular response to X-ray / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / nuclear telomere cap complex / DNA ligation / regulation of smooth muscle cell proliferation / V(D)J遺伝子再構成 / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / クラススイッチ / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of epithelial cell proliferation / IRF3-mediated induction of type I IFN / telomere capping / 相同組換え / regulation of telomere maintenance / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / U3 snoRNA binding / positive regulation of neurogenesis / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular response to fatty acid / hematopoietic stem cell proliferation / cellular hyperosmotic salinity response / maturation of 5.8S rRNA / response to ionizing radiation / T cell lineage commitment / telomeric DNA binding / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / DNA biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / B cell lineage commitment / cellular response to lithium ion / 2-LTR circle formation / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of DNA damage / somatic stem cell population maintenance / ligase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / T cell differentiation / enzyme activator activity / response to X-ray / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / chromosome organization / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ectopic germ cell programmed cell death / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA polymerase binding / condensed chromosome / positive regulation of telomerase activity / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / activation of innate immune response / telomere maintenance / cellular response to leukemia inhibitory factor / 神経発生 / cyclin binding / small-subunit processome / B cell differentiation / positive regulation of translation / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of protein phosphorylation / central nervous system development / stem cell proliferation / cellular response to ionizing radiation / デオキシリボ核酸 / response to gamma radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peptidyl-threonine phosphorylation / brain development 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen S / He Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM visualization of DNA-PKcs structural intermediates in NHEJ. 著者: Siyu Chen / Alex Vogt / Linda Lee / Tasmin Naila / Ryan McKeown / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He / 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). ...DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). Core NHEJ factors form an initial long-range (LR) synaptic complex that transitions into a DNA-PKcs (DNA-dependent protein kinase, catalytic subunit)-free, short-range state to align the DSB ends (Chen ). Using single-particle cryo-electron microscopy, we have visualized three additional key NHEJ complexes representing different transition states, with DNA-PKcs adopting distinct dimeric conformations within each of them. Upon DNA-PKcs autophosphorylation, the LR complex undergoes a substantial conformational change, with both Ku and DNA-PKcs rotating outward to promote DNA break exposure and DNA-PKcs dissociation. We also captured a dimeric state of catalytically inactive DNA-PKcs, which resembles structures of other PIKK (Phosphatidylinositol 3-kinase-related kinase) family kinases, revealing a model of the full regulatory cycle of DNA-PKcs during NHEJ. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28733.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28733-v30.xml emd-28733.xml | 33.9 KB 33.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28733_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28733.png | 56.8 KB | ||
その他 | emd_28733_half_map_1.map.gz emd_28733_half_map_2.map.gz | 39.5 MB 39.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ezbMC 8ez9C 8ezaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | ATP | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.112 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half1
ファイル | emd_28733_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half2
ファイル | emd_28733_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : NHEJ Long-range complex with ATP
+超分子 #1: NHEJ Long-range complex with ATP
+分子 #1: X-ray repair cross-complementing protein 6
+分子 #2: X-ray repair cross-complementing protein 5
+分子 #3: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
+分子 #6: DNA repair protein XRCC4
+分子 #7: Non-homologous end-joining factor 1
+分子 #8: Protein PAXX
+分子 #9: DNA ligase 4
+分子 #4: DNA (31-MER)
+分子 #5: DNA (30-MER)
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 302 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 倍率(補正後): 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 30448 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8ezb: |