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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25126 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GPR158 coupled to the RGS7-Gbeta5 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled glycine receptor activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK ...G protein-coupled glycine receptor activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / light adaption / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / dark adaptation / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein gamma-subunit binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Ca2+ pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G alpha (12/13) signalling events / cell tip / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (i) signalling events / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / positive regulation of neurotransmitter secretion / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of synapse organization / G-protein alpha-subunit binding / enzyme activator activity / response to amphetamine / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / protein localization to plasma membrane / cell projection / brain development / transmembrane signaling receptor activity / cognition / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / nuclear envelope / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / myelin sheath / presynapse / presynaptic membrane / protein-folding chaperone binding / G alpha (i) signalling events / cell body / postsynaptic membrane / response to ethanol / intracellular signal transduction / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / dendrite / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Patil DN / Singh S / Singh AK / Martemyanov KA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of human GPR158 receptor coupled to the RGS7-Gβ5 signaling complex. 著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh ...著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh / Kirill A Martemyanov / 要旨: GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, ...GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, and cognition. However, the structural organization and signaling mechanisms of GPR158 are largely unknown. We used single-particle cryo–electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of human GPR158 alone and bound to an RGS signaling complex. The structures reveal a homodimeric organization stabilized by a pair of phospholipids and the presence of an extracellular Cache domain, an unusual ligand-binding domain in GPCRs. We further demonstrate the structural basis of GPR158 coupling to RGS7-Gβ5. Together, these results provide insights into the unusual biology of orphan receptors and the formation of GPCR-RGS complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25126.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25126-v30.xml emd-25126.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25126.png | 63 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25126 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25126_validation.pdf.gz | 423.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25126_full_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25126_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25126_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25126 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GPCR complex
全体 | 名称: GPCR complex |
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要素 |
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-超分子 #1: GPCR complex
超分子 | 名称: GPCR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: Isoform 2 of Regulator of G-protein signaling 7
分子 | 名称: Isoform 2 of Regulator of G-protein signaling 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 54.761859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAQGNNYGQT SNGVADESPN MLVYRKMEDV IARMQDEKNG IPIRTVKSFL SKIPSVFSGS DIVQWLIKNL TIEDPVEALH LGTLMAAHG YFFPISDHVL TLKDDGTFYR FQTPYFWPSN CWEPENTDYA VYLCKRTMQN KARLELADYE AESLARLQRA F ARKWEFIF ...文字列: MAQGNNYGQT SNGVADESPN MLVYRKMEDV IARMQDEKNG IPIRTVKSFL SKIPSVFSGS DIVQWLIKNL TIEDPVEALH LGTLMAAHG YFFPISDHVL TLKDDGTFYR FQTPYFWPSN CWEPENTDYA VYLCKRTMQN KARLELADYE AESLARLQRA F ARKWEFIF MQAEAQAKVD KKRDKIERKI LDSQERAFWD VHRPVPGCVN TTEVDIKKSS RMRNPHKTRK SVYGLQNDIR SH SPTHTPT PETKPPTEDE LQQQIKYWQI QLDRHRLKMS KVADSLLSYT EQYLEYDPFL LPPDPSNPWL SDDTTFWELE ASK EPSQQR VKRWGFGMDE ALKDPVGREQ FLKFLESEFS SENLRFWLAV EDLKKRPIKE VPSRVQEIWQ EFLAPGAPSA INLD SKSYD KTTQNVKEPG RYTFEDAQEH IYKLMKSDSY PRFIRSSAYQ ELLQAKKKGK SLTSKRLTSL AQSY |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 38.778602 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MATDGLHENE TLASLKSEAE SLKGKLEEER AKLHDVELHQ VAERVEALGQ FVMKTRRTLK GHGNKVLCMD WCKDKRRIVS SSQDGKVIV WDSFTTNKEH AVTMPCTWVM ACAYAPSGCA IACGGLDNKC SVYPLTFDKN ENMAAKKKSV AMHTNYLSAC S FTNSDMQI ...文字列: MATDGLHENE TLASLKSEAE SLKGKLEEER AKLHDVELHQ VAERVEALGQ FVMKTRRTLK GHGNKVLCMD WCKDKRRIVS SSQDGKVIV WDSFTTNKEH AVTMPCTWVM ACAYAPSGCA IACGGLDNKC SVYPLTFDKN ENMAAKKKSV AMHTNYLSAC S FTNSDMQI LTASGDGTCA LWDVESGQLL QSFHGHGADV LCLDLAPSET GNTFVSGGCD KKAMVWDMRS GQCVQAFETH ES DVNSVRY YPSGDAFASG SDDATCRLYD LRADREVAIY SKESIIFGAS SVDFSLSGRL LFAGYNDYTI NVWDVLKGSR VSI LFGHEN RVSTLRVSPD GTAFCSGSWD HTLRVWA |
-分子 #3: G-protein coupled receptor 158
分子 | 名称: G-protein coupled receptor 158 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 88.251633 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGAMAYPLLL CLLLAQLGLG AVGASRDPQG RPDSPRERTP KGKPHAQQPG RASASDSSAP WSRSTDGTIL AQKLAEEVPM DVASYLYTG DSHQLKRANC SGRYELAGLP GKWPALASAH PSLHRALDTL THATNFLNVM LQSNKSREQN LQDDLDWYQA L VWSLLEGE ...文字列: MGAMAYPLLL CLLLAQLGLG AVGASRDPQG RPDSPRERTP KGKPHAQQPG RASASDSSAP WSRSTDGTIL AQKLAEEVPM DVASYLYTG DSHQLKRANC SGRYELAGLP GKWPALASAH PSLHRALDTL THATNFLNVM LQSNKSREQN LQDDLDWYQA L VWSLLEGE PSISRAAITF STDSLSAPAP QVFLQATREE SRILLQDLSS SAPHLANATL ETEWFHGLRR KWRPHLHRRG PN QGPRGLG HSWRRKDGLG GDKSHFKWSP PYLECENGSY KPGWLVTLSS AIYGLQPNLV PEFRGVMKVD INLQKVDIDQ CSS DGWFSG THKCHLNNSE CMPIKGLGFV LGAYECICKA GFYHPGVLPV NNFRRRGPDQ HISGSTKDVS EEAYVCLPCR EGCP FCADD SPCFVQEDKY LRLAIISFQA LCMLLDFVSM LVVYHFRKAK SIRASGLILL ETILFGSLLL YFPVVILYFE PSTFR CILL RWARLLGFAT VYGTVTLKLH RVLKVFLSRT AQRIPYMTGG RVMRMLAVIL LVVFWFLIGW TSSVCQNLEK QISLIG QGK TSDHLIFNMC LIDRWDYMTA VAEFLFLLWG VYLCYAVRTV PSAFHEPRYM AVAVHNELII SAIFHTIRFV LASRLQS DW MLMLYFAHTH LTVTVTIGLL LIPKFSHSSN NPRDDIATEA YEDELDMGRS GSYLNSSINS AWSEHSLDPE DIRDELKK L YAQLEIYKRK KMITNNPHLQ KKRCSKKGLG RSIMRRITEI PETVSRQCSK EDKELEVLFQ |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 22 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: (2S)-1-{[(S)-hydroxy{[(1s,2R,3R,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxyc...
分子 | 名称: (2S)-1-{[(S)-hydroxy{[(1s,2R,3R,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,14E)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: EIJ |
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分子量 | 理論値: 887.128 Da |
Chemical component information | ChemComp-EIJ: |
-分子 #6: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PEE |
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分子量 | 理論値: 744.034 Da |
Chemical component information | ChemComp-PEE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: GPR158 model taken from ab-initio built for GPR158 apo and RGS7-Gb5 from PDB ID: 6N9G |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 151954 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |