PDB-5otb: Structure of caprine serum albumin in P1 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5otb

タイトル

Structure of caprine serum albumin in P1 space group

要素

Albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / caprine serum albumin / goat serum albumin / P1

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin binding / blood microparticle / lipid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Talaj, J.A. / Bujacz, A. / Bujacz, G.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of serum albumins from domesticated ruminants and their complexes with 3,5-diiodosalicylic acid.
著者: Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Zielinski, K. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Neumann, P.

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5otb.cif.gz	923.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5otb.ent.gz	777.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5otb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5orfC 5oriSC 5oswC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ocj-d 4la0-2 6u4x-d 4g03-2 4l9k-2 1bm0-1 5orf-1 4iw1-d 3lu6-2 2xw0-1 3lu8-1 5yxe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Albumin

B: Albumin

C: Albumin

D: Albumin

ヘテロ分子

268 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Albumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
66.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Albumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Albumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Albumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.750, 80.930, 110.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.01, 75.90, 72.22
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Albumin / Caprine serum albumin 分子量: 66412.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / Plasmid details: serum plasma / 組織: Blood / 参照: UniProt: B3VHM9
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 % / 解説: plate
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0,2M L-Proline, Hepes pH 7,5, 24% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: S 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 85355 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.15 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.97
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.11 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 9218 / CC_1/2: 0.596

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ORI

5ori

解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 19.529 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.82 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24595	1708	2 %	RANDOM
R_work	0.19749	-	-	-
obs	0.19845	83645	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.673 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6 Å²	-0.29 Å²	-1.21 Å²
2-	-	-0.27 Å²	-0.57 Å²
3-	-	-	-3.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18511	0	132	482	19125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	19097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.147	1.98	25800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.653	5	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.72	24.955	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.49	15	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.977	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	14232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.312	4.565	9326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.78	6.829	11631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.222	4.835	9771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.345	38.578	30544
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	121	-
R_work	0.273	5886	-
obs	-	-	93.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0086	0.0651	0.9268	0.4917	0.5756	1.0461	-0.0084	0.1922	0.1038	-0.111	0.1402	-0.1684	-0.105	0.2108	-0.1318	0.142	-0.001	0.0269	0.1898	-0.0499	0.2377	74.4702	28.4541	42.5451
2	0.0776	0.058	0.3987	0.0533	0.2612	2.2334	-0.0038	-0.0104	-0.0294	-0.0227	-0.0333	-0.0512	0.0323	-0.0287	0.0371	0.1552	0.0553	-0.0124	0.1515	-0.022	0.2348	55.2248	22.0578	37.4729
3	1.527	0.7968	0.5646	1.5546	0.3262	0.3912	0.0836	-0.045	0.0698	0.2071	-0.1379	0.1818	0.0433	-0.0978	0.0543	0.1572	0.0006	-0.0028	0.1644	-0.0159	0.2215	50.2126	20.2043	46.8253
4	1.0317	0.223	0.4084	0.205	0.1592	0.2138	0.0893	-0.0582	0.1017	0.1203	-0.1503	-0.0026	0.0902	-0.0557	0.061	0.1907	-0.0608	-0.0012	0.2086	-0.0115	0.1955	59.9922	35.423	64.0442
5	1.7299	-0.0204	-0.9998	0.485	0.3546	1.1403	0.1114	-0.0562	0.0192	0.1661	-0.0785	0.0785	0.1321	0.0061	-0.0329	0.2218	-0.0202	-0.0032	0.1198	0.0393	0.1771	58.1467	20.8986	65.7366
6	0.9589	-0.798	-0.0793	1.7402	-0.4533	0.2699	-0.1294	0.0194	-0.0025	0.0253	0.0414	-0.1605	0.0446	-0.08	0.088	0.1404	-0.0815	0.0575	0.2672	-0.0841	0.1011	51.3508	43.1518	81.2227
7	0.5754	0.8014	-0.5387	1.9928	0.2163	2.0831	-0.1486	0.1385	0.1256	-0.0921	0.3013	0.0111	0.1104	-0.1293	-0.1527	0.0727	-0.0011	-0.0679	0.3075	-0.0905	0.21	46.9937	49.7709	74.5072
8	1.6492	1.0926	3.7482	1.9799	3.2128	8.9485	-0.0461	-0.3416	0.1433	-0.0579	-0.2894	0.1866	-0.0814	-0.7551	0.3354	0.0201	-0.0345	0.046	0.391	-0.1666	0.1636	34.2096	44.6133	65.5327
9	1.0107	-0.2366	0.2547	2.7782	-2.8548	3.1465	0.049	-0.3321	0.151	0.3143	-0.1848	-0.0449	-0.4186	-0.0745	0.1358	0.2117	0.0635	0.0074	0.3734	-0.1539	0.1699	35.3113	44.8514	43.1955
10	0.6976	-0.2458	-0.2417	0.1292	0.2638	1.0567	-0.0539	-0.0325	0.1843	0.0103	-0.0539	-0.0559	0.041	-0.1129	0.1078	0.1507	-0.0031	0.0029	0.2	-0.0304	0.2129	42.7707	38.9287	50.0856
11	0.9906	-1.2622	0.7425	4.2427	-2.9534	2.09	0.0161	0.0552	0.3381	0.2915	-0.0297	-0.1139	-0.2421	-0.0134	0.0135	0.2081	0.0226	-0.0349	0.1147	-0.0029	0.2609	44.5731	53.471	50.2364
12	1.1481	0.4279	1.137	0.938	1.6065	2.9231	-0.0444	0.278	0.1567	-0.1305	0.0023	-0.0112	-0.2108	0.1343	0.0421	0.1709	0.0585	0.0082	0.1589	-0.0302	0.205	35.7562	42.4661	30.1791
13	1.1204	-1.1457	-0.9767	5.5062	3.7403	5.2106	-0.0499	0.0923	0.1595	-0.3019	-0.0076	0.5224	-0.2141	-0.1806	0.0575	0.059	0.0456	-0.0496	0.2277	-0.0292	0.2376	25.6071	41.3028	25.5931
14	0.6508	-0.0915	-0.0332	1.9106	0.8051	0.3396	0.0258	0.0315	-0.0895	0.2705	0.1623	-0.4471	0.1125	0.073	-0.188	0.1123	0.0019	0.0305	0.197	-0.0906	0.2628	54.8384	-0.0493	5.7731
15	0.8224	0.4484	0.9158	1.4668	0.5205	1.0283	0.0346	-0.0332	-0.0646	0.0724	0.0323	-0.1259	0.0626	-0.0052	-0.0668	0.1383	-0.0224	0.0781	0.2174	-0.0476	0.1803	47.5693	15.1054	17.9401
16	0.7122	0.3789	0.2584	0.339	0.0831	0.6187	0.0095	-0.139	0.0363	-0.0957	-0.0958	0.0158	-0.0886	-0.0235	0.0863	0.1495	-0.0033	0.049	0.2185	-0.0417	0.1956	40.6569	20.7953	11.891
17	0.5663	0.3354	0.4879	0.3176	0.4503	0.808	-0.0831	-0.0131	-0.0563	-0.1546	0.0681	0.0067	-0.0815	0.0766	0.015	0.2333	-0.0197	-0.0023	0.1858	-0.0341	0.1466	30.8245	5.1902	-4.9063
18	1.8746	-0.1151	1.16	1.1441	0.6146	1.3079	-0.1554	0.1181	0.29	-0.2031	0.0699	-0.1485	-0.042	0.0885	0.0855	0.2776	-0.0858	0.0506	0.1406	0.0054	0.1176	36.6998	18.2228	-8.1577
19	0.8361	0.7162	-0.24	1.3957	-1.0278	0.9421	-0.263	0.1357	0.0015	-0.0923	0.1965	-0.0836	-0.0332	-0.0953	0.0665	0.2286	0.0452	-0.0685	0.1996	-0.0589	0.1359	12.5661	5.916	-14.2751
20	0.0604	0.0194	-0.1772	0.0312	-0.1309	0.772	-0.0887	0.0151	-0.0097	0.0302	-0.0203	-0.0056	0.0459	-0.0694	0.1091	0.209	0.0147	-0.0035	0.2665	-0.0918	0.2575	9.3751	1.7945	-5.3146
21	1.0219	1.1945	1.3459	1.5666	2.1267	3.5716	0.0489	-0.166	-0.0314	-0.0147	-0.2076	0.027	-0.1372	-0.2868	0.1586	0.1206	0.1217	-0.0558	0.2097	-0.1248	0.2224	7.6372	12.178	7.206
22	3.13	-0.6947	1.9025	5.5394	-1.3814	1.3727	-0.0349	-0.2625	-0.1249	-0.0415	0.021	0.2279	-0.0314	-0.194	0.0139	0.1338	-0.0243	0.0671	0.231	-0.0667	0.2219	18.4626	8.6661	25.9837
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50	2.7416	1.4909	1.4196	3.639	2.05	1.3192	0.0644	0.0606	0.0643	-0.2281	0.0199	-0.2437	-0.1216	0.0436	-0.0843	0.2082	-0.0908	0.0334	0.1527	0.0426	0.1887	102.3832	77.405	59.1791
51	1.3534	-0.0089	0.3096	1.5402	-2.3343	3.6062	-0.1465	-0.1955	0.1716	0.1856	0.0284	-0.0591	-0.3078	-0.0657	0.1182	0.1091	0.0361	0.0234	0.2296	0.0005	0.1888	103.3422	63.4216	79.3008
52	1.5029	-0.5818	-0.1496	0.8211	1.0699	1.7382	0.0226	0.0355	-0.0649	0.0607	0.2538	-0.1661	0.078	0.3812	-0.2763	0.0822	0.0294	-0.0539	0.2943	0.0237	0.1794	110.8443	56.6805	83.4243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	3 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	107 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	148 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	199 - 250
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	251 - 295
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	296 - 336
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	337 - 366
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	367 - 398
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	399 - 417
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	418 - 468
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	498 - 537
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	538 - 583
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	498 - 537
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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