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万見
- PDB-5yxe: Crystal Structure Analysis of feline serum albumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yxe
タイトルCrystal Structure Analysis of feline serum albumin
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / fatty acid binding / drug binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / : / DNA binding ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / : / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.40241519802 Å
データ登録者Kihira, K. / Yokomaku, K. / Akiyama, M. / Morita, Y. / Komatsu, T.
引用ジャーナル: J Mater Chem B. / 年: 2018
タイトル: Core-shell protein cluster comprising haemoglobin and recombinant feline serum albumin as an artificial O2 carrier for cats
著者: Yokomaku, K. / Akiyama, M. / Morita, Y. / Kihira, K. / Komatsu, T.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9381
ポリマ－65,9381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.908, 49.145, 123.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.171, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65938.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: ALB / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P49064
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 47mg/mL FSA in 10mM Na Phosphate pH7.4, 35% PEG3350, 0.2M Na malonate pH4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.8 Å / Num. obs: 8375 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 108.51377052 Å2 / CC1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Num. unique obs: 2486 / CC1/2: 0.617

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
REFMAC5.8.0103精密化
XDSMay 1, 2016データ削減
XDSMay 1, 2016データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LU8

3lu8


解像度: 3.40241519802→46.7954450011 Å / SU ML: 0.405194207028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3378403567 / 位相誤差: 40.357215519
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296737193186 415 5.00060248223 %
Rwork0.285879235251 --
obs0.286492746435 8299 97.0189385083 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 115.072719198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.40241519802→46.7954450011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4391 0 0 0 4391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002342532983884489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4925511267176056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352192244885669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00413210314972781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.184477468952762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4024-3.89450.4334774314111330.4733221402452527X-RAY DIFFRACTION94.5945945946
3.8945-4.90590.3103773573941390.2990024587242655X-RAY DIFFRACTION98.0350877193
4.9059-46.79980.2497796846221430.2293502352932702X-RAY DIFFRACTION98.3748271093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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