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Yorodumi- PDB-4jk4: Crystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with 3,5-dii... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jk4 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with 3,5-diiodosalicylic acid | ||||||
Components | Serum albumin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Bovine Serum Albumin / Helical protein possessing three domains / Transport / Fatty acids / hormones / metabolites and drugs / Plasma | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / protein-containing complex ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / protein-containing complex / DNA binding / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.653 Å | ||||||
Authors | Zielinski, K. / Bujacz, A. / Sekula, B. / Bujacz, G. | ||||||
Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2013 Title: Crystallographic studies of the complexes of bovine and equine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid. Authors: Sekula, B. / Zielinski, K. / Bujacz, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jk4.cif.gz | 478 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jk4.ent.gz | 398.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jk4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jk4_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4jk4_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 4jk4_validation.xml.gz | 46.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4jk4_validation.cif.gz | 63.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jk4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4j2vC 4f5sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 66561.969 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-607 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P02769 |
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-Non-polymers , 6 types, 167 molecules
#2: Chemical | ChemComp-DIU / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 22% MMEPEG 5000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.918 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. all: 37411 / Num. obs: 36876 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.47 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.75 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 3852 / Rsym value: 0.826 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4F5S Resolution: 2.653→36.528 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.653→36.528 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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