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- PDB-5ije: Crystal structure of Equine Serum Albumin in the presence of 30 m... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ije | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Equine Serum Albumin in the presence of 30 mM zinc at pH 7.4 | ||||||||||||
![]() | Serum albumin | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||||||||
Function / homology | ![]() cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / protein-containing complex ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / protein-containing complex / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Szlachta, K. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Circulatory zinc transport is controlled by distinct interdomain sites on mammalian albumins. Authors: Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Kassaar, O. / Khazaipoul, S. / Blindauer, C.A. / Stewart, A.J. / Chruszcz, M. / Minor, W. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 249.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 200.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5iihSC ![]() 5iiuC ![]() 5iixC ![]() 5ij5C ![]() 5ijfC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 65768.086 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 25-607 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | IN CONTRAST WITH THE PREVIOUSLY DEPOSITED IN PDB STRUCTURES OF EQUUS CABALLUS SA (PDB IDS: 3V08, ...IN CONTRAST WITH THE PREVIOUSLY | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.67 % Description: The author states that two data sets were collected on the same crystal in order to prove the entity and position of metal in the structure. The first data set was collected on the ...Description: The author states that two data sets were collected on the same crystal in order to prove the entity and position of metal in the structure. The first data set was collected on the wavelength above zinc absorption edge and the second below zinc absorption edge. |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 1 ul of 30 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM ZnCl2, final pH 7.4) and ...Details: 1 ul of 30 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM ZnCl2, final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 100 mM ZnCl2 in 100 mM Tris, final pH 7.4, to final concentration of 100 mM |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2015 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.282 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50.01 Å / Num. obs: 27885 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.452 / Net I/av σ(I): 23.03 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 120428 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IIH Resolution: 2.4→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.2426 / WRfactor Rwork: 0.184 / FOM work R set: 0.7597 / SU B: 20.243 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.3854 / SU Rfree: 0.2654 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.265 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.63 Å2 / Biso mean: 55.396 Å2 / Biso min: 27.35 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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