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- PDB-6ocj: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Suprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ocj
タイトルCrystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Suprofen
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HELICAL / THREE-DOMAIN PROTEIN / SERUM ALBUMIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / lipid binding / protein-containing complex / DNA binding ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / lipid binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-M5A / MALONATE ION / SUCCINIC ACID / Albumin / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sekula, B. / Zielinski, K. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Chirality / 年: 2020
タイトル: Structural investigations of stereoselective profen binding by equine and leporine serum albumins.
著者: Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Szymczak, I.
履歴
登録2019年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1655
ポリマ－65,6261
非ポリマー5394
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.261, 95.261, 144.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65625.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: F7BAY6, UniProt: P35747*PLUS

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非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物 ChemComp-M5A / (2S)-2-[4-(thiophene-2-carbonyl)phenyl]propanoic acid / (S)-Suprofen / (S)-スプロフェン


分子量: 260.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H12O3S
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % / 解説: Hexagonal Prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Acetate Buffer at pH 5.0, 1.8 M ammonium sulfate, Cocrystallization with Suprofen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.6 Å / Num. obs: 20186 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1034 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSVersion, Jan 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZBQ

4zbq


解像度: 2.5→41.249 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1030 5.11 %
Rwork0.1984 --
obs0.2017 20163 78.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4578 0 37 52 4667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4846389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8261830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63180.3624430.2891727X-RAY DIFFRACTION21
2.6318-2.79660.2934760.29951414X-RAY DIFFRACTION41
2.7966-3.01250.32021480.28043047X-RAY DIFFRACTION88
3.0125-3.31550.30052050.25043466X-RAY DIFFRACTION100
3.3155-3.7950.26581940.20953477X-RAY DIFFRACTION100
3.795-4.78020.2511680.16913520X-RAY DIFFRACTION100
4.7802-41.25480.22281960.1613482X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17260.0178-0.33062.1436-0.53973.6714-0.05480.30660.7071-0.4854-0.1011-0.0881-1.3547-0.07220.05431.2778-0.2189-0.28560.63670.24830.75943.097140.196369.4658
22.1357-1.59461.08694.13450.7331.36080.10731.2720.727-1.64110.3386-1.5576-0.75771.2902-0.25271.2905-0.5640.23171.18830.05360.844557.801425.521161.4561
33.06491.11931.02723.70990.9813.71280.0018-0.04520.03660.30070.0438-0.46250.17580.3628-0.04180.4729-0.1167-0.15310.3093-0.00570.317949.10818.375381.8257
40.73440.16741.35251.48580.72873.56790.6026-1.1108-0.33791.2991-0.58730.47431.1768-1.6110.04931.5488-0.7454-0.14931.19830.08430.340931.92773.962795.7857
52.1731.12622.19882.11890.76485.2250.4051-0.1307-0.42020.5371-0.0767-0.36410.8566-0.0397-0.28230.4936-0.0281-0.12730.2687-0.0360.307135.46054.552467.3849
62.36910.0477-0.79682.95220.93225.26570.15680.37010.0918-1.0082-0.2016-0.00860.0376-0.350.04430.63910.0810.00430.3563-0.02720.254333.70672.926143.3981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 114 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 172 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 303 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 304 through 375 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 376 through 489 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 490 through 583 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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