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Yorodumi- PDB-4j56: Structure of Plasmodium falciparum thioredoxin reductase-thioredo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j56 | ||||||
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Title | Structure of Plasmodium falciparum thioredoxin reductase-thioredoxin complex | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Protein-Protein Complex / Thioredoxin fold / Disulfide reductase / FAD binding / NADPH binding / Thioredoxin binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Metabolism of ingested MeSeO2H into MeSeH / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.371 Å | ||||||
Authors | Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Preuss, J. / Iozef, R. / Rahlfs, S. / Becker, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Crystal Structure of the Plasmodium falciparum Thioredoxin Reductase-Thioredoxin Complex. Authors: Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Preuss, J. / Iozef, R. / Rahlfs, S. / Becker, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4j56.cif.gz | 477.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4j56.ent.gz | 391.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4j56.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j56 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4j57C 3qfbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 59752.160 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C535S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: 3D7 / Gene: trxr2, PFI1170c / Plasmid: pRSETa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 References: UniProt: P61076, thioredoxin-disulfide reductase #2: Protein | Mass: 12854.468 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C33S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: 3D7 / Gene: PF14_0545 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 / References: UniProt: Q7KQL8 #3: Chemical | ChemComp-FAD / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 20% PEG 8000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.98696 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98696 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→50 Å / Num. all: 110173 / Num. obs: 107823 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 56.97 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.35 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.43 Å / Redundancy: 3 % / % possible all: 84.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3qfb Resolution: 2.371→19.971 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / Phase error: 37.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.371→19.971 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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