PDB-6n9g: Crystal Structure of RGS7-Gbeta5 dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n9g

タイトル

Crystal Structure of RGS7-Gbeta5 dimer

要素

Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
Regulator of G-protein signaling 7

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RGS / G protein SIGNALING

機能・相同性

機能・相同性情報

G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / dark adaptation ...G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / dark adaptation / light adaption / G-protein gamma-subunit binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G-protein activation / G alpha (s) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / rod photoreceptor outer segment / GPER1 signaling / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cell tip / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / parallel fiber to Purkinje cell synapse / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor inner segment / GTPase activator activity / myelin sheath / presynapse / protein-folding chaperone binding / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #60 / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / : / : / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bos taurus (ウシ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.129 Å

データ登録者

Patil, D.N. / Rangarajan, E. / Izard, T. / Martemyanov, K.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural organization of a major neuronal G protein regulator, the RGS7-G beta 5-R7BP complex.
著者: Patil, D.N. / Rangarajan, E.S. / Novick, S.J. / Pascal, B.D. / Kojetin, D.J. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Martemyanov, K.A.

履歴

登録	2018年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n9g.cif.gz	625.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n9g.ent.gz	519.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pbiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jij-d 1br4-4 6v9g-d 1br1-4 1br1-1 1rb8-d 5zh4-d 7no2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (33) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (16) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

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#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (33)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (16)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)
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オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
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カドヘリン (Cadherin)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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フォトトロピン (Phototropin)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of G-protein signaling 7

B: Regulator of G-protein signaling 7

C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5

D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5

187 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Regulator of G-protein signaling 7

D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, form heterodimer
93.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Regulator of G-protein signaling 7

C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.323, 162.760, 95.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Regulator of G-protein signaling 7 / RGS7 分子量: 54761.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RGS7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O46470
#2: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Gbeta5 / Transducin beta chain 5 分子量: 38778.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnb5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62881
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.25 詳細: 0.1M sodium malonate (pH 6.25) and 10% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.129→94.28 Å / Num. obs: 54345 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.08 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.13→2.48 Å / R_merge(I) obs: 0.817 / Num. unique obs: 2718 / CC_1/2: 0.546 / R_pim(I) all: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PBI

2pbi

解像度: 2.129→37.535 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.93

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	2610	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1743	-	-	-
obs	0.1764	54330	46.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.129→37.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12040	0	0	480	12520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.488	16690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.819	7421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1783
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1286-2.1673	0.4508	6	0.2961	75	X-RAY DIFFRACTION	1
2.1673-2.209	0.3935	6	0.3621	103	X-RAY DIFFRACTION	2
2.209-2.254	0.3425	5	0.3634	149	X-RAY DIFFRACTION	3
2.254-2.303	0.4426	9	0.3113	250	X-RAY DIFFRACTION	4
2.303-2.3566	0.4515	26	0.35	425	X-RAY DIFFRACTION	7
2.3566-2.4155	0.3557	27	0.3133	634	X-RAY DIFFRACTION	11
2.4155-2.4808	0.3497	40	0.2865	906	X-RAY DIFFRACTION	15
2.4808-2.5538	0.3702	56	0.3087	1206	X-RAY DIFFRACTION	21
2.5538-2.6362	0.3421	82	0.2907	1573	X-RAY DIFFRACTION	27
2.6362-2.7304	0.3219	100	0.2843	1940	X-RAY DIFFRACTION	33
2.7304-2.8397	0.2701	140	0.2648	2486	X-RAY DIFFRACTION	43
2.8397-2.9689	0.3125	150	0.2508	3516	X-RAY DIFFRACTION	60
2.9689-3.1253	0.2999	199	0.2347	4242	X-RAY DIFFRACTION	72
3.1253-3.321	0.28	262	0.2159	5058	X-RAY DIFFRACTION	86
3.321-3.5773	0.2359	303	0.1886	5727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5773-3.9369	0.2217	309	0.1612	5831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9369-4.5058	0.1695	267	0.1307	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5058-5.6737	0.168	314	0.1348	5849	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6737-37.5404	0.1908	309	0.1664	5898	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9999	-1.2705	1.3497	4.868	-1.7773	1.9795	0.0112	-0.4889	0.5058	0.5727	-0.0195	0.6145	-0.0152	-0.4707	0.0774	0.3698	-0.0376	0.1474	0.3095	-0.0994	0.5893	10.7663	29.0425	5.8063
2	2.593	-0.3384	0.1276	1.63	-1.0299	5.0123	0.0278	0.2272	0.066	-0.1462	-0.0747	0.3798	0.1989	-0.8274	-0.2067	0.2877	-0.0123	-0.0487	0.3761	0.0206	0.5311	1.8323	32.1282	-15.6674
3	0.9297	-0.3296	-0.5027	1.5538	-0.828	1.108	0.0546	-0.1822	-0.0545	0.1568	-0.0567	-0.0619	0.2823	-0.0037	0.0412	0.5225	-0.0828	-0.1336	0.2146	-0.0385	0.3791	29.4388	-0.8427	5.7866
4	1.5034	0.1595	0.38	2.9544	2.0587	3.9714	0.0775	-0.1492	-0.2069	0.0751	0.0262	-0.8617	-0.0277	-0.2203	-0.1092	0.3796	0.0036	-0.2233	0.1942	0.0822	0.6397	50.3827	-18.9283	2.3093
5	3.1647	-1.6908	2.3692	2.5016	-0.5669	3.9983	0.5287	0.4956	0.0874	-0.2478	-0.6077	-1.0883	0.2044	1.1745	0.1492	0.953	0.0338	0.3253	1.079	0.5235	1.6233	40.8406	36.9038	-45.3927
6	0.5844	0.1241	-0.3481	4.9356	-2.9974	3.7675	-0.0292	0.5115	0.7826	-0.689	-0.3538	-1.3137	0.2793	0.4731	0.3346	0.5909	0.0439	0.1703	0.5776	0.3384	1.0626	33.0915	28.2588	-35.9387
7	0.7605	-0.489	-0.2398	1.3467	0.017	1.8586	-0.1405	0.2276	0.2159	-0.4818	-0.2898	-0.4835	-0.2713	0.035	0.4442	0.6677	-0.0866	-0.0864	0.5013	0.2319	0.8258	15.7082	52.7988	-48.432
8	4.9171	1.4299	1.5915	3.9422	-0.5058	2.4644	-0.3871	-0.285	0.3557	0.2618	0.1724	-0.1269	-0.4913	-0.421	0.2161	0.9602	0.2035	-0.3236	0.5912	0.02	0.5926	-12.5673	76.152	-48.589
9	1.326	-0.413	0.4532	1.2609	0.3043	2.384	-0.251	0.3864	0.1634	-0.3863	-0.2687	-0.5468	-0.4017	0.0326	0.3457	0.646	0.0016	-0.2097	0.3201	0.1934	0.7107	9.695	54.8294	-47.6758
10	4.8425	-0.4497	-0.6513	6.4556	-0.7477	6.2052	-0.2169	-0.015	0.1003	-0.4746	0.0039	0.4021	0.0062	-0.6444	0.1254	0.6044	-0.0068	-0.272	0.3812	0.0027	0.378	-5.548	49.8295	-42.0136
11	1.4308	0.1501	-0.0387	2.0539	-0.4141	1.8708	-0.1431	0.6949	0.1311	-0.8998	-0.5068	-1.1558	-0.2047	0.33	0.3115	0.8807	0.0231	-0.0431	0.3675	0.3514	0.8898	14.4351	55.9221	-47.6855
12	1.915	0.4661	-0.1471	2.4789	-0.1602	0.8124	0.1242	0.045	0.0189	0.0123	-0.108	-0.2703	-0.0715	0.0392	0.0345	0.2889	0.01	-0.1118	0.16	0.024	0.2414	30.1886	-0.1755	-4.9594
13	2.1174	-0.6058	-1.9324	4.7798	1.1842	5.2315	0.3478	-0.0379	-0.4111	0.0118	-0.1526	0.1845	0.3476	0.08	-0.169	0.4001	-0.085	-0.1509	0.1488	0.0382	0.2482	28.9446	-9.5314	-8.3393
14	1.8645	-0.6907	-0.132	2.5725	-0.2227	1.3341	0.046	-0.2075	0.0629	0.387	-0.0802	-0.0467	0.08	-0.1261	0.0133	0.3154	-0.0702	-0.0622	0.1723	0.001	0.2367	27.112	4.9019	4.2346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 107 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 318 through 450 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 59 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 183 through 317 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 318 through 450 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 119 through 216 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 217 through 353 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 2 through 172 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 173 through 216 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 217 through 353 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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