+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n9g | ||||||
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Title | Crystal Structure of RGS7-Gbeta5 dimer | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / RGS / G protein SIGNALING | ||||||
Function / homology | Function and homology information Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion ...Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / light adaption / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / dark adaptation / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein gamma-subunit binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Ca2+ pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G alpha (12/13) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (i) signalling events / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / GTPase activating protein binding / dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / presynapse / myelin sheath / cell body / protein-folding chaperone binding / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.129 Å | ||||||
Authors | Patil, D.N. / Rangarajan, E. / Izard, T. / Martemyanov, K.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2018 Title: Structural organization of a major neuronal G protein regulator, the RGS7-G beta 5-R7BP complex. Authors: Patil, D.N. / Rangarajan, E.S. / Novick, S.J. / Pascal, B.D. / Kojetin, D.J. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Martemyanov, K.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6n9g.cif.gz | 625.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6n9g.ent.gz | 519.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6n9g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2pbiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54761.820 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: RGS7 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: O46470 #2: Protein | Mass: 38778.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Gnb5 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P62881 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.25 Details: 0.1M sodium malonate (pH 6.25) and 10% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.129→94.28 Å / Num. obs: 54345 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.13→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.817 / Num. unique obs: 2718 / CC1/2: 0.546 / Rpim(I) all: 0.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PBI Resolution: 2.129→37.535 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 30.93
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.129→37.535 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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