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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23810 | |||||||||
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タイトル | Structure of the autoinhibited state of smooth muscle myosin-2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate PAKs / myosin II filament / Smooth Muscle Contraction / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント ...RHO GTPases activate PAKs / myosin II filament / Smooth Muscle Contraction / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / smooth muscle contraction / stress fiber / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Chicken (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Heissler SM / Arora AS / Billington N / Sellers JR / Chinthalapudi K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the autoinhibited state of myosin-2. 著者: Sarah M Heissler / Amandeep S Arora / Neil Billington / James R Sellers / Krishna Chinthalapudi / 要旨: We solved the near-atomic resolution structure of smooth muscle myosin-2 in the autoinhibited state (10) using single-particle cryo–electron microscopy. The 3.4-Å structure reveals the precise ...We solved the near-atomic resolution structure of smooth muscle myosin-2 in the autoinhibited state (10) using single-particle cryo–electron microscopy. The 3.4-Å structure reveals the precise molecular architecture of 10 and the structural basis for myosin-2 regulation. We reveal the position of the phosphorylation sites that control myosin autoinhibition and activation by phosphorylation of the regulatory light chain. Further, we present a previously unidentified conformational state in myosin-2 that traps ADP and P produced by the hydrolysis of ATP in the active site. This noncanonical state represents a branch of the myosin enzyme cycle and explains the autoinhibition of the enzyme function of 10 along with its reduced affinity for actin. Together, our structure defines the molecular mechanisms that drive 10 formation, stabilization, and relief by phosphorylation of the regulatory light chain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23810.map.gz | 251.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23810-v30.xml emd-23810.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23810.png | 52.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23810 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23810 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.899 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Smooth muscle myosin-2 10S complex
全体 | 名称: Smooth muscle myosin-2 10S complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Smooth muscle myosin-2 10S complex
超分子 | 名称: Smooth muscle myosin-2 10S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Gizzard |
分子量 | 理論値: 531.256 KDa |
-分子 #1: Myosin-11
分子 | 名称: Myosin-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chicken (ニワトリ) / 器官: gizzard |
分子量 | 理論値: 229.018953 KDa |
配列 | 文字列: SQKPLSDDEK FLFVDKNFVN NPLAQADWSA KKLVWVPSEK HGFEAASIKE EKGDEVTVEL QENGKKVTLS KDDIQKMNPP KFSKVEDMA ELTCLNEASV LHNLRERYFS GLIYTYSGLF CVVINPYKQL PIYSEKIIDM YKGKKRHEMP PHIYAIADTA Y RSMLQDRE ...文字列: SQKPLSDDEK FLFVDKNFVN NPLAQADWSA KKLVWVPSEK HGFEAASIKE EKGDEVTVEL QENGKKVTLS KDDIQKMNPP KFSKVEDMA ELTCLNEASV LHNLRERYFS GLIYTYSGLF CVVINPYKQL PIYSEKIIDM YKGKKRHEMP PHIYAIADTA Y RSMLQDRE DQSILCTGES GAGKTENTKK VIQYLAVVAS SHKGKKDTSI TQGPSFSYGE LEKQLLQANP ILEAFGNAKT VK NDNSSRF GKFIRINFDV TGYIVGANIE TYLLEKSRAI RQAKDERTFH IFYYLIAGAS EQMRNDLLLE GFNNYTFLSN GHV PIPAQQ DDEMFQETLE AMTIMGFTEE EQTSILRVVS SVLQLGNIVF KKERNTDQAS MPDNTAAQKV CHLMGINVTD FTRS ILTPR IKVGRDVVQK AQTKEQADFA IEALAKAKFE RLFRWILTRV NKALDKTKRQ GASFLGILDI AGFEIFEINS FEQLC INYT NEKLQQLFNH TMFILEQEEY QREGIEWNFI DFGLDLQPCI ELIERPTNPP GVLALLDEEC WFPKATDTSF VEKLIQ EQG NHAKFQKSKQ LKDKTEFCIL HYAGKVTYNA SAWLTKNMDP LNDNVTSLLN QSSDKFVADL WKDVDRIVGL DQMAKMT ES SLPSASKTKK GMFRTVGQLY KEQLTKLMTT LRNTNPNFVR CIIPNHEKRA GKLDAHLVLE QLRCNGVLEG IRICRQGF P NRIVFQEFRQ RYEILAANAI PKGFMDGKQA CILMIKALEL DPNLYRIGQS KIFFRTGVLA HLEEERDLKI TDVIIAFQA QCRGYLARKA FAKRQQQLTA MKVIQRNCAA YLKLRNWQWW RLFTKVKPLL QVTRQEEEMQ AKDEELQRTK ERQQKAEAEL KELEQKHTQ LCEEKNLLQE KLQAETELYA EAEEMRVRLA AKKQELEEIL HEMEARIEEE EERSQQLQAE KKKMQQQMLD L EEQLEEEE AARQKLQLEK VTADGKIKKM EDDILIMEDQ NNKLTKERKL LEERVSDLTT NLAEEEEKAK NLTKLKNKHE SM ISELEVR LKKEEKSRQE LEKIKRKLEG ESSDLHEQIA ELQAQIAELK AQLAKKEEEL QAALARLEDE TSQKNNALKK IRE LESHIS DLQEDLESEK AARNKAEKQK RDLSEELEAL KTELEDTLDT TATQQELRAK REQEVTVLKR ALEEETRTHE AQVQ EMRQK HTQAVEELTE QLEQFKRAKA NLDKTKQTLE KDNADLANEI RSLSQAKQDV EHKKKKLEVQ LQDLQSKYSD GERVR TELN EKVHKLQIEV ENVTSLLNEA ESKNIKLTKD VATLGSQLQD TQELLQEETR QKLNVTTKLR QLEDDKNSLQ EQLDEE VEA KQNLERHIST LTIQLSDSKK KLQEFTATVE TMEEGKKKLQ REIESLTQQF EEKAASYDKL EKTKNRLQQE LDDLVVD LD NQRQLVSNLE KKQKKFDQML AEEKNISSKY ADERDRAEAE AREKETKALS LARALEEALE AKEELERTNK MLKAEMED L VSSKDDVGKN VHELEKSKRT LEQQVEEMKT QLEELEDELQ AAEDAKLRLE VNMQAMKSQF ERDLQARDEQ NEEKRRQLL KQLHEHETEL EDERKQRALA AAAKKKLEVD VKDLESQVDS ANKAREEAIK QLRKLQAQMK DYQRDLDDAR AAREEIFATA RENEKKAKN LEAELIQLQE DLAAAERARK QADLEKEEMA EELASANSGR TSLQDEKRRL EARIAQLEEE LDEEHSNIET M SDRMRKAV QQAEQLNNEL ATERATAQKN ENARQQLERQ NKELRSKLQE MEGAVKSKFK STIAALEAKI ASLEEQLEQE AR EKQAAAK TLRQKDKKLK DALLQVEDER KQAEQYKDQA EKGNLRLKQL KRQLEEAEEE SQRINANRRK LQRELDEATE SND ALGREV AALKSKLRRG NEPVSFAPPR RSGGRRVIEN ATDGGEEEID GRDGDFNGKA SE |
-分子 #2: Myosin light polypeptide 6
分子 | 名称: Myosin light polypeptide 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chicken (ニワトリ) / 器官: Gizzard |
分子量 | 理論値: 16.873025 KDa |
配列 | 文字列: CDFSEEQTAE FKEAFQLFDR TGDGKILYSQ CGDVMRALGQ NPTNAEVMKV LGNPKSDEMN LKTLKFEQFL PMMQTIAKNK DQGCFEDYV EGLRVFDKEG NGTVMGAEIR HVLVTLGEKM TEEEVEQLVA GHEDSNGCIN YEELVRMVLS G |
-分子 #3: Myosin regulatory light chain 2, smooth muscle major isoform
分子 | 名称: Myosin regulatory light chain 2, smooth muscle major isoform タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chicken (ニワトリ) / 器官: Gizzard |
分子量 | 理論値: 19.741047 KDa |
配列 | 文字列: SSKRAKAKTT KKRPQRATSN VFAMFDQSQI QEFKEAFNMI DQNRDGFIDK EDLHDMLASM GKNPTDEYLE GMMSEAPGPI NFTMFLTMF GEKLNGTDPE DVIRNAFACF DEEASGFIHE DHLRELLTTM GDRFTDEEVD EMYREAPIDK KGNFNYVEFT R ILKHGAKD KDD |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl塩化ナトリウム / 構成要素 - 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 詳細: 150 mM NaCl, 1mM EGTA, 2mM MgCl2 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | 1 mg/ml |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 234464 |