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万見
- PDB-5i4e: Crystal Structure of Human Nonmuscle Myosin 2C motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i4e
タイトルCrystal Structure of Human Nonmuscle Myosin 2C motor domain
要素Myosin-14,Alpha-actinin A
キーワードMOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / myosin II filament / macropinocytic cup / Neutrophil degranulation ...RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / myosin II filament / macropinocytic cup / Neutrophil degranulation / actin crosslink formation / actin filament-based movement / vocalization behavior / actomyosin / myosin filament / RHO GTPases Activate ROCKs / RHO GTPases activate CIT / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / myosin II complex / hyperosmotic response / cortical actin cytoskeleton / EPHA-mediated growth cone collapse / microfilament motor activity / pseudopodium / cell leading edge / RHO GTPases activate PAKs / brush border / mitotic cytokinesis / actin filament bundle assembly / skeletal muscle contraction / phagocytosis / neuronal action potential / skeletal muscle tissue development / stress fiber / RHO GTPases activate PKNs / phagocytic vesicle / extracellular matrix / cellular response to starvation / cell projection / actin filament / mitochondrion organization / cell motility / sensory perception of sound / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / calmodulin binding / calcium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin S1 fragment, N-terminal / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Actinin-type actin-binding domain signature 1. ...Myosin S1 fragment, N-terminal / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Myosin S1 fragment, N-terminal / Calponin homology domain / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP ORTHOVANADATE / Alpha-actinin A / Myosin-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Heissler, S.M. / Preller, M. / Sellers, J.R. / Manstein, D.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationMA 1081/21-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into the active site and allosteric communication pathways in human nonmuscle myosin-2C.
著者: Chinthalapudi, K. / Heissler, S.M. / Preller, M. / Sellers, J.R. / Manstein, D.J.
履歴
登録2016年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年9月13日ID: 2YCU
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-14,Alpha-actinin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1573
ポリマ－111,5891
非ポリマー5682
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area49640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.120, 125.610, 153.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-14,Alpha-actinin A / Myosin heavy chain 14 / Myosin heavy chain / non-muscle IIc / Non-muscle myosin heavy chain IIc / ...Myosin heavy chain 14 / Myosin heavy chain / non-muscle IIc / Non-muscle myosin heavy chain IIc / NMHC II-C / Actin-binding protein A / F-actin cross-linking protein


分子量: 111588.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 265-489,UNP residues 265-489 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NONMUSCLE MYOSIN 2C MOTOR DOMAIN, RESIDUES 47-799 ALPHA-ACTININ REPEATS, RESIDUES 265-502
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: MYH14, KIAA2034, FP17425, abpA, actnA, DDB_G0268632
プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7Z406, UniProt: P05095
#2: 化合物 ChemComp-AOV / ADP ORTHOVANADATE


分子量: 544.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O14P2V / コメント: エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS PH 8.2, PEG 5K MME, MPD, NACL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→97.33 Å / Num. obs: 75357 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.82 % / Biso Wilson estimate: 42.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 14.97 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BR2

1br2


解像度: 2.25→34.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3786 5.03 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 75245 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7165 Å20 Å20 Å2
2--18.875 Å20 Å2
3----29.5915 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→34.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7697 0 33 666 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1610641HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2886SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes233HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1121HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7878HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion990SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9213SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 254 4.65 %
Rwork0.292 5211 -
all0.292 5465 -
obs--99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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